庆样闻讯，又派千余清兵前往包围了阿帕克霍加陵园。此时张格尔已派人混入喀什噶尔城内，串通内应发动了变乱，叛匪冲出东门，在清军外围又形成一道包围圈。清军受内外夹击，处于明显劣势。在一个雷雨交加的夜里，张格尔顺利突围。
短短的几天，张格尔疯狂地煽动宗教情绪与民族仇视，不断招兵买马加强攻势。喀什噶尔附近清军防线已无力再维持，舒尔哈善、乌凌阿等将领，甚至原先的代理喀什噶尔参赞大臣穆克登布等，都先后英勇牺牲。清军残部由庆祥带领退守喀什噶尔汉城。此后，英吉沙尔、叶尔羌、和阗等地清军，也相继被张格尔叛军包围。这时由于闻知张格尔已得手，浩罕汗国也应邀派出3900名侵略军赶来，企图与张格尔平分秋色。两股强盗合兵的结果，把塔里木盆地西南缘一带陷入了一片硝烟战火之中。
18世纪以来，英帝国主义就开始把势力的触角伸向我国西藏、新疆地区，并积极物色和培植代理人。张格尔早年在喀布尔求学时；就与英国间谍有过往来。这次张格尔入卡时，就有20余名英国特工尾随而来，不仅为他充当政治与军事顾问，而且负责为他输送大批欧式军械。在制定侵略计划与训练叛军方面，这些英国间谍是不遗余力的。据西方史料披露，这伙间谍中，曾有5人身着当地百姓服装，每天寸步不离地跟着张格尔。正是由于浩罕统治集团与英帝国主义给张格尔撑腰打气，为虎作伥，才使得张格尔的叛乱能在短时间内得以迅速蔓延。
1823年7月22日，张格尔见清军己退入汉城固守，便亲自率兵先攻打回城。守在城中的是喀什噶尔维吾尔阿奇木伯克买买萨依提与原喀什噶尔阿奇木伯克郡王玉努斯。他们两人调集数千维吾尔居民和士兵，与敌军展开殊死搏斗，浴血奋战整整4天4夜，城门被敌人炸开，两人同时为国殉难，上千维吾尔军民战死在敌人屠刀之下。
战死的维吾尔勇士在喀什噶尔的历史上，留下了他们不屈的身影与血染的风采。
张格尔攻陷回城之后，为保存实力，把攻打汉城的任务推给了急于争功的浩罕侵略军，并答应事成之后，可以割让喀什噶尔为礼物，而且还能平分其他各城所获的赃物。浩罕军首领喜不自胜，而且也急于得到当年波罗尼都埋在“古勒巴格”(即当时的汉城)的所谓地下宝藏，同时又轻易相信了清军不堪一击的胡话，于是将麾下3000兵将齐策于汉城之下。
当浩罕军队抢先发动攻势后，守在城中的庆样将军率清兵与内地各省籍商民共千余人，冲出城外与敌军接仗，一战杀死敌军800余人，其余受伤者不计其数。浩罕军惨败而退。
这时，张格尔才亲自出马，先用水攻不成，再用地道战术，经数十天鏖战，于9月26日终于攻进了汉城。喀什噶尔参赞大臣庆祥将军誓死不降，拔刀自刎以身报国。
翌日，张格尔率大军入城，宣布自己是“赛义德；张格尔；苏丹”(即“圣人后裔张格尔国王”)。不久，喀什噶尔以南的所有地方，全部落入张格尔之手。
多年来蒙受清朝地方贪官和维吾尔伯克欺凌压榨的喀什噶尔穷苦百姓，特别是其中的原白山派信徒，在张格尔起事初期，曾对这个所谓的“霍加后裔”抱有一些幻想，在单纯的宗教感情支配之下上当受骗。
但张格尔一旦大权在握，就开始纵容浩罕侵略军和自己的亲信们，对当地人大肆抢掠。正如清朝史料记载的那样；“淫虐妇女，搜索财物，其暴虐甚于从前和卓(按：即“霍加”)千倍万倍。”而且，凡与清军作战，张格尔就用浩罕军督战，让贫苦百姓上前受死，自己则坐享渔翁之利。如此一来张格尔开始失掉自己在当地人心中的正面形象，加上不断的战乱使当地人更加贫困，当地百姓不再如叛乱开始时一般，支持张格尔的叛军。
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