其后……
神武帝下令各州，道，府重新整建大明邸报，由锦衣卫督办，招收各地读书人为百姓解读邸报内容。
然后下诏重新启用孙承宗，任命其出守蓟辽督师，修筑关宁锦防线，操练边军，整顿军纪。
五月，茅元仪赶赴京城，向神武帝进呈《武备志》，帝大悦，任命其为辽东副总兵，随孙承宗一同经略辽东。
神武二年……
山东再次爆发灾情，神武帝下令官方出面向各粮商收购粮食，以赈济灾民。
商人借此哄抬粮价，帝大怒，命锦衣卫指挥使陆文昭彻查。
一时间，又是人头滚滚，城外河水被侵染鲜红，带头几家粮商被抄家灭族，其粮食全被缴纳充公，运往各地赈济灾民。
紧接着，朝堂多数大臣尽皆上奏，弹劾神武帝此举太过暴虐，有伤天和。
此时，有人上奏检举告发大臣中有人与粮商勾结，故意哄抬粮价。
神武帝大怒，令陆文昭彻查，五城兵马司，顺天府随之督办，勾结粮商几位朝臣被揪出，当即被罢免官职，抄家灭族。
众臣皆震惧，连忙上奏，神武帝置之不理，大臣再奏，于宫外下跪请愿。
然后……
神武帝下令大明邸报向各州，道，府通报此事，被斩首大臣臭名传遍天下，又下旨于正阳门外造此几人下跪雕塑，供天下人“瞻仰”。
群臣这才悻悻罢手，但天下百姓皆是举手相庆，纷纷赞扬神武帝英明神武。
同时，神武帝派人于福建一带寻得在万历年间传入大明的马铃薯，红薯，锦衣卫监督，下发种子强令各地种植。
年末，各地收获丰厚，各地灾民大为减少，百姓对帝感恩戴德。
官府出面，雇佣流民挖取煤矿，首年免费发放给北地百姓用来取暖。
又收购浙江，云南等地种植的棉花，制成棉衣发放给流民，以度寒冬。
神武二年冬，建虏骑兵直扑北京，神武帝闻之，用科学院韩霖，孙元化，徐光启等人改造的新式火枪，火炮全歼来犯敌人。
此时，又有人举报……
张家口以范永斗范家为首的晋商八大家，借着为大明边军运输军粮之便，暗中购置盐铁等垄断资源，和鞑靼、建虏交易，换取巨额财富。
因抄家而充盈的国库，经一年花销，已是空虚……
闻此叛国资敌之恶行，神武帝勃然大怒，下令抄家灭族，清缴白银千万两之多。
与之勾结的部分太原镇，大同镇边军闻之，在有心人鼓动下，发生暴乱。
神武三年春，神武帝当即御驾亲征，同时命蓟州镇孙承宗所练新军前来镇压叛乱。
不到一月，叛乱便被平定，上至千户，下至总旗，叛乱长官全被授首，血腥镇压。
神武帝随着又提高军饷，颁布了一系列法规，如军士分发土地，减免赋税等，军心当即被安抚。