最后经过整顿重编，最终留下了一艘二级战舰镇海号为旗舰，两艘三级战舰平寇号、灭寇号为骨干，外加三艘四级战舰，五艘五级战舰，七艘六级战舰和二十余艘福船战舰，以及小型战舰五十余艘，补给船只十余艘，以旗舰镇海号为核心，组成了吕宋分舰队，由张兴海为舰队主将，罗大柱为副将，全员共有水军七千余人。
同时，因为在吕宋海战中的突出表现，这支舰队又特意被命名为烈焰舰队，舰队分为两大部分，其中主力一部有四千余人，常年驻守在苏州湾，主要担负着防守天海城和吕宋大岛的重任，另外一部则南下进驻三宝颜，继续对吕宋南部的盘龙群岛海域展开巡查，剿灭这片海域的海盗，同时着手收编训练摩罗人的零散水师，在一边肃清海疆的同时，继续缓步扩充自身实力。
然后，为了巡防琼州岛各个港口和附近水域，震慑安南，以一艘三级战舰征寇号为旗舰，下辖一艘四级战舰，四艘五、六级战舰，以及二十余艘小型战舰，水军共计两千余人，组建了琼州巡逻分舰队，以贺大纲为主将，沐剑声的义子沐孝为副将，负责琼州岛四周和北部湾海域的安全，兼顾护航过往的商船，同时保证与吴三桂一方的贸易路线的安全，责任也不小。
为了维护陪都广州的安全，沐剑声下令，参照琼州分舰队规模，旗舰为三级战舰轸寇号，下辖各种战舰三十余艘，建立了珠江舰队；同时又以十只小型战舰为核心主力，外加一些辅助船只，建立起了三支珠江分舰队，各有水军千余人，分别负责珠江内河水域东面、西面、北面三个方向水路的安全，同时兼代运送各种物资，配合陆军守护地方，拱卫广州城外围安全，整个珠江舰队人员超过五千人，由高佑民担任主将，唐古城为副将。
另外，又建立了规模稍小的闽江巡航舰队，主要维护福州至南平段水域的安全，兼顾维护闽北大军的后路及给养运输，这只分舰队共有大小战舰三十余艘，共有水军两千余人，由去年率部来投的李西华的老泰山戚三江为主将，姚启圣的儿子姚仪为副将。
而王府水师的主力舰队，依旧由白寒枫为主帅，施琅为副将，瓦罗斯为参将，麾下共一万三千余人，将驻防在厦门、漳州、金门、澎湖附近海域，主要防护台湾海峡，兼顾接应各方。下辖的舰只包括旗舰定远号，这是一艘一级风帆战舰，这也是王府参照之前俘虏西班牙人旗舰的内部结构和火力配置，然后进行了部分优化之后，所新建的一艘全新的战舰，全舰载员达八百余人，加装了王府最新式的舰炮九十余座，战力基本超过了同级别的战舰，十分惊人。
此外还有两艘新建的新式二级战舰平海号、定海号，三艘三级战舰荡寇号、靖寇号、讨寇号，五艘四级战舰和二十余艘五、六级战舰，以及大小福船战舰五十余艘，其余小型战舰一百多艘，艨艟走舸三百多艘，补给船只二十余艘，实力可谓超强。现在全体的水师官兵正紧张的进行操练战阵，为以后即将进攻的远征江南作准备。
这样统计下来，目前王府的水师共有三万六千余人，大小战舰近千艘，而为了配合这些水师作战，目前王府在吕宋的天海城、三宝颜、苏州湾，琼州的琼山、崖州、文昌，广东的广州、崖山、汕头，福建厦门、福州、泉州，台湾的台南、淡水等处，在原来的民用海港基础上，扩建了十余处设施完备的军用海港，总共驻有地勤人员近三万人，为水师提供完善的后勤服务，保证了王府水师取得一次次胜利。
这次整训，水师也配发了统一的着装，其中海上的人员，士兵配发蓝白相间的常服两套，粗布训练服两套，白色礼服一套，外加内衣内裤袜子鞋帽若干，作战时外加一件皮质应急救生衣。除了服装之外，每个士兵还配发军刺一把，火枪一支，武装带一副，其它的水壶军刀打火机等等辅助器具也人手一件，几乎是武装到牙齿。