然而想要就此拿下赣州，却绝非易事。细看赣州城附近地势，不但三面被江水环绕，而且另外一面则有高山为凭依，十分利于就地坚守，这一带的山川地形，与天下有名的合川钓鱼城极为类似，也许他们唯一所缺的，就是受地形限制，赣州城建在低处，没有一座地势险要而且面积足够的临江山城来据守。
不过即便如此，面对数万名敌军和数千敌军水师，要想跨江攻克这等大城，没有绝对优势的水上兵力，再配合优势陆军，也难言必胜，所以沐剑声才会挖空心思的苦心积蓄己方的水上力量，以求一战建功。
另外一点，此时清兵一方也有一支实力颇为不弱的水师，想要压制对方，就需要建设水师。如果按部就班的发展，没有一年的时间，很难从规模上超过对手，可是沐剑声怎肯在此再坐等一年？因此惟有扬长避短，设法集中力量先对敌军水师下手，尽快掌控江面，在这个主要的战略目的下，明军的参谋部经过仔细周密的策划，一场针对清兵水师的作战计划被详细的制定出来。
如今的满清赣江水师，拥有中型福船战舰两艘，小型福船战舰十余艘，普通楼船近二十艘，平底快船五十余艘，小型走舸沙船二百余艘，水师官兵六千余人，加上杂兵纤夫等超过万人，规模不小。
统兵大将为从广东一路败逃而回的尚之孝，副将为佟养钜和罗国春，这三人从粤中粤西败退到赣南，辗转千余里，也算是屡败屡战的‘名将’了。在三人之中，尚之孝乃是满清死忠分子，深得康熙信任，加之尚之信被调到南昌享福，因此他就得以单独统领一军；而佟养钜则是败军之将，勉强留用已是照顾；罗国春在傅宏烈死后更是饱受同僚之间闲言碎语的议论，许多人都认为他是间接害死傅宏烈的凶手之一，所以两人都被调离了主要军职，然后来给后辈充当副手，也算是戴罪立功了。
相比而言，明军水师在经过近多半年的苦心积累后，在不计使用寿命的原则下，就使用了大量未彻底风干的湿木来造船。这种速成的船只寿命很短，随着木材变形，虫蛀鼠咬等，估计年余时间就会报废，但是为了能够尽快的有一支对抗敌方水军的力量，沐剑声也顾不了太多了，目前的情况下，时间才是最值钱的存在。
经过一番努力之后，目前在赣江上，明军已经拥有中型楼船四艘，普通楼船十余艘，快船二十余艘，沙船走舸百余艘，兵员近三千人，勉强达到了清兵水师船只的一半，而统兵大将为临时调派而来的戚振北，副将为陈涛和南洋李家子弟李铭。不过由于船只上加装了新式的舰炮，火炮的射程威力和数量要超出清兵不少，因此各船的单兵作战能力却要高出清兵一筹，就实际战力而言，双方的差距其实十分有限，如果再考虑士气和技战术水平，双方战力其实很接近。
茅店镇，乃是赣州东面的最后屏障，也是赣州东面一线清军的大营驻地，是一处重要的防守要点。为了达到引出敌军水师的目的，从二月初二龙抬头这一天起，明军从水陆两线，对东线的清兵大营防线展开了猛烈的进攻，上百门各式火炮放声怒吼，对清兵展开了覆盖式的打击。随着明军的攻击，清兵防线立刻陷入危局，而且用于防守的火炮也被明军重点清除，陷入到了单方面的屠杀之中。
得到前线战报，眼看情势危急，希尔根连忙下令东线清军设法稳守阵地，同时迅速派出了水陆两个方面的援军前来接应，以便及时扭转危局，挫败当面明军。
从赣州到茅店不过四十余里路程，陆上强行军的话，也就两个多时辰路程，而水师也不慢，此时依旧是西北风盛行之时，风助帆势下，因此清兵两路援军很快就抵达战场。
而就在清兵援军赶到时，明军一方虽然已经清理了清军的外部两道防线，眼看即将展开对大营的最后总攻，可是得知援兵将至的消息，为了不被敌方围攻，也只能撤围而去，无功而返。