随后，耿精忠下令福州城全城戒严，控制了城内的清廷官员，包围缴械了全部的清兵，并且抓捕各色的满清密探，以便封锁消息。他同时又向所属外围部队下令，肃清各地的官员和清兵驻军，控制当地局势，同时悄悄加强了朝清兵主力一线的警戒。
与此同时，早就集结在闽南泉州附近的三万沐家军，在主将刘国轩，副将刘进忠刘一舟的带领下急速北上，在水师高佑民部的策应下前出攻打福州。而另外一路明军万余人则由陆路从漳平出发，朝耿精忠部控制的永安进发，力争双方尽快会师，然后趁着清兵还不清楚，就展开一场大的突袭，力争一战底定福建全局。
再说福州一线，面对沐王府大军的猛烈炮火，马尾连江长乐等地的清兵望风而逃，败往福州，仅仅两天的时间，沐王府大军就兵临福州城下，随后两军展开了激烈的交战。虽然此时在福州城驻守了近三万的清兵精锐，外加近两万名各处的败兵，兵力依旧十分雄厚，不过面对明军强大的水师和凌厉的火器，加之士气受挫，而且还有部分原属耿精忠的部下捣鬼放水，清兵水陆两面连败数仗。
其中大败的就有三场，第一场大的战事，就是双方的水师大战，这也是一场最毫无悬念的战斗。虽然近几个月来，为了对抗明军的水师，康亲王在原属耿家水师的基础上，扩建成立了一支闽江水师，其中有大小舰只近百艘，人员近三千人，可是由于组建时日尚短，士兵素质较差，配合生疏，战法也很落后，而且船只太小，加装配置的火力也十分有限，所以面对明军水师的强大火力，几乎毫无还手之力。
此战双方在福州城外的江面展开交火，尽管清兵一方依托城防炮火和占据上游的有利地势，而且面对的也仅仅只是明军的一支分舰队，大小战舰四十余艘，可是由于双方的火力差距过大，明军的火炮无论是数量、威力还是射程，都远远超出清兵的水陆两面的总和，在经过一番激烈交火之后，明军付出了大小五艘船只沉没，死伤三百余人的代价，全歼了清兵闽江水师，成功的肃清了江面。
闽江口一战，沐王府水师大获全胜，俘获清兵近一千余人，大小船只五十余艘，还同时摧毁和消灭了福州城的大部分城防火炮，这样就为后续攻城打开了通道，此后双方展开第二场战事。
由于水师全军覆没，于是清兵决定在陆上作些文章，想依靠自家的骑兵优势，趁夜对明军陆上的两万大军进行偷袭，打破明军水陆合围的计划。却不料明军对此早有防备，在大寨之内还挖掘了陷阱，修筑了两道防御工事，布置了一个大大的死亡陷阱。开战之后，明军故意示弱，让清兵实现突破，进入到大寨里面，然后集中火力关门打狗，对突进大营的清兵展开屠杀。
最终，分两个方向偷营的七千满蒙铁骑，除了最后面的两千余人及时反应过来后逃出大寨，其余的四千多人遭到了密集火炮打击和排队枪毙，大部分人员被当场击毙，少部分人员被俘。此战之后，福州清兵的骑兵部队基本被打残，机动战力损失殆尽，而明军在收拢了近两千匹完好的战马之后，扩建了两个骑兵团，机动能力则大大加强。
眼见水师和骑兵都被击败，主力人员损失过万，清兵兵力已经处于劣势，只好退守福州附近，修筑工事进行固守。不过很快就被明军用火力一一摧毁，攻破防线，这样在损失了数千兵力之后，清兵全部撤退进入福州城，依托城墙固守。
不过此时清兵已经颓势尽显，士气低落，兵力不足，加之后勤也基本被切断，困守孤城，所以毫无战心。面对明军的火炮优势，清兵的人马损失惨重，无力抵挡，再加上有原属耿精忠部的清兵充当内应，趁夜打开城门，于是福州城被迅速攻破，清兵全线崩溃，最终连夜弃城，一路败逃向南平。也算他们比较幸运，竟然在途中遇见了耿精忠举事之后，从南平方向提前逃出的一些密探，有幸得知了耿精忠已经再次反叛的消息，于是连忙改道向闽北屏南一线逃窜，勉强跳出了被明军两线夹击合围的境地。