再说明军的赣江水师，负责从江面侧翼对清兵大营进行炮击，牵制清兵的防守兵力，为了不提前暴露出战舰的真实火力，所有船只都只有三成火炮开火，这时眼见敌军队伍庞大的水师前来，连忙调整队形和帆向，向东面回撤。
明军此举明显有诱敌的意思，按理清兵应该谨慎行事，可是清军的水师已经困守赣州很久了，这好不容易出来一趟，看见猎物又岂会轻易放弃，一见对手不过大小三十多艘船只，己方则有上百艘船只，占据了绝对优势，立刻衔尾追来。
作为赣江的上游，一过茅店之后，江面也就三四百米跨度，水势基本平稳，可是逆水而上十里，过了桃江口之后，江面迅速收拢至不到二百米宽度，水势变的急湍，大型船只已经难以平安迅速的航行。如果清兵水师统领是一名稳重的老将，必然会放弃对明军的追击，掉头返回，毕竟此行的主要目的乃是解围，既然目标已经达到，就无须再行冒险深入了。可是尚之孝屡屡在沐家军手中吃败仗，一心想要复仇，怎肯放弃即将到手的战绩，于是命令继续追击。看看再追击了四五里路程，江水再度收紧，在身边人的连续劝诫下，尚之孝这才猛然惊醒，连忙下令落帆出桨，迅速返航。
不过此时已经有些晚了，因为上游的明军水师已经借助水势，摆好了进攻阵型，稳步压来。由于明军水师的火炮明显占优，几十门火炮齐齐发出怒吼，在清兵水师里炸开，顿时取得了不小的成绩，清军水师的十余艘船只被击中，死伤甚众。尚之孝连忙下令一边进行还击，一边继续后退，妄图脱离险境。
不过既然有心对付他们，沐剑声岂能没有准备？此时只见在贡水的两岸上，早就埋伏在此的几十门小型火炮也发出怒吼，对江中的清军水师展开了夹击，这样清兵水师就陷入了三面包围之中，形势立刻危急起来，此外在桃江上，十几艘小型的明军快船，已经顺水而下，朝清兵水师后路抄来。由于江面上视野开阔，因此清兵很快就发现了他们的帆影和旗号，得到这一系列的消息，尚之孝不由魂飞天外，连忙下令全军全力撤退，避免被对手合围。
在尚之孝的命令下，清兵水师仓皇西逃，顾不上与对手作战，而明军则四下出击，气势如虹，在这种局面之下，结果自然注定，最终清兵仅有少一半的主力船只平安突围逃走，另外的有十余艘船只被击沉，上千兵勇和大小近二十艘船只被明军俘虏，大败而归。
此战过后，双方水师的船只数量基本持平，不过再考虑到火力配置，明军一方就取得了优势，清兵从此几乎成了惊弓之鸟，再也不敢轻易出击。于是明军就顺利掌控了赣州东面的水上优势，不久之后攻克茅店，兵锋直指赣州。为了抵御明军，清兵随后在赣州东面的水东村附近，借助地势扎下防御大营，在水军的策应下进行固守。
此后不久，西线明军经过一番准备，发挥出火力优势，强攻清军凤岗大寨，力战三日之后，清兵死伤惨重，防线告破，兵马溃不成军，最终狼狈逃窜，勉强退到蟠龙村附近设防，不久之后再度落败，于是只能退守赣州城西外湖边村，在水师的策应下驻守；而南线明军也攻克了大峰山防线，将战线推进到赣州南郊的沙河村附近。至此，明军再度将战线三面推进，把清军压缩到了东西不到三十里的狭窄地带，赣州城墙几乎遥遥在望。
经过连续作战，明军虽然略有损伤，不过因为连战连胜，故而俘虏甚多，可以补充的预备兵源不少，挑出其中精锐人员，稍加训练改造，尤其是思想方面的改造教育，就可以补充进入各部，所以兵力几乎没有损失，依旧维持在十万人左右，外加八千水师，占据优势，而且三路人马现在已经几乎联通一体，获得了战场的主动。
而清兵一方，则在连续落败之后，死伤被俘者甚众，兵力已经锐减到不足六万人，其中还包括七千多水师，完全处于劣势。不过为了保证赣州这个要点不丢失，清军只好一面搜捡丁壮，又设法再度抽调吉安和南昌附近的兵马，来驰援赣州，最终勉强组织了一支一万五千多人的陆军，在两千多水师的护送下抵达赣州，准备死守赣州，用这个坚城来阻挡明军前进的脚步。