在正面打退了清兵的进攻后，沐家军就推进到了城墙近处，沐剑声下令对琼山展开了围攻，调集炮兵对琼山府城的城门进行了轰击。虽然琼山城上的各个城门上，也有十多门火炮驻防，不过由于这些火炮大多比较老旧，射程太近，不过里许射程，而且哑炮也很多，不时还有炸膛的情况发生，根本无法对沐家军的火炮造成威胁。随着沐家军二十几门火炮几轮齐射，轻易就击毁了清兵的那些火炮，而且也顺带炸塌了南门的城门楼子，毁坏了几段城墙，摧毁了几处箭垛，让留守的清兵心惊胆战，士气大跌，只能龟缩起来保命。
两天之后，王府的右翼大军赶到，于是沐剑声下令全军分为三部，并与水师协作，将琼山府城彻底团团包围，然后准备发起后续攻击，早起日拿下此城，结束战事。
再说李西华的右翼大军，主要由李栋的二团与罗海的新二团组成，全军四千余人，他们于二月十七日出发后，当夜抵达宁远河边扎营，然后于次日下午，抵达崖州城下，随后彻底控制全城。
经过一番整顿之后，崖州城派出了五百名辅兵助战，水师的舰只也增加了三艘；采用与沐剑声一路相似的里应外合战术，二十二日，王府彻底控制了陵水县城，二十五日控制了万州，这样不但辅兵增加到一千余人，而且又增加了三艘海船；随后于二十七日占领乐会，二十九日控制会同，三月二日又占领文昌，可谓是势如破竹。
在之前一系列的战斗中，王府军队先后阵亡不过两人，重伤也仅有五、六人而已，全部都是在文昌县进行接应时，出现意外后与清兵的城门看守发生激斗所致，不过好在损失很小。此时的右翼大军，在经过了几次补充后，已经增加了近两千人，又去掉留守各地的士兵，总数已经突破了五千人，不降反增。
在文昌修整了两天后，三月五日，李西华率领大军北上，于三月七日下午赶到琼山府城，与沐剑声的左翼大军汇合。
两路人马汇合之后，这时的沐王府大军已经接近了一万五千人，清兵的府尹和参将，以及几名游击将军们立在城头上一眼望去，但见城下的明军大营连绵不绝，旌旗如林号炮连连，阵容鼎盛，其间还有骑兵锐卒往返巡逻，如龙似虎；而海面上也是帆影蔽天，炮口森严，几乎无穷无尽。眼见敌军势大，实力超强，而自家已经孤立无援，手下兵丁折损殆尽，几个人心惊不已，连忙和一干手下进行商议。
由于这些军官承平日久，贪生怕死者居多，再加上其中个别人员已经被王府暗中掌控，煽风点火，蛊惑人心，所以绝大多数人都毫无战心，只好提议投降。眼见手下人员如此，为首的官员也无可奈何，最终于三月九日一早，十余名首脑人物下令打出白旗，齐齐自缚后开城投降。这样在仅仅不到一个月的时间里，沐王府大军就以微乎其微的代价，以秋风扫落叶的迅疾架势，横扫了整个琼州岛，攻占了包括府城在内全部的要点。这场统一全岛的战事，与其说是一场战争，还不如说是一次全军的演习拉练，因为对手实在太过孱弱，而沐王府前期的各项工作也十分到位，所到之处几乎望风披靡，敌人也没有给沐家军什么有效的威胁。
这个结果让王府众人也十分意外，尽管早就知道了会是这等结果，只是这般轻易迅速的就全取琼州岛，的确让沐家军上下大大看低了清兵绿营的战斗力，也大大提升了自信心。不过实际上，还是因为现在的这支沐家军，已经是一支具有划时代意义的新式军队，远超同时期的任何对手。从单兵素质到武器装备、纪律作风、技战术水平、后勤保障等等各方面，都是一个不小的差别，诸多因素加到一起，这种差距就有如云泥之别，使得这些清兵注定会被对手横扫。
控制了全岛以后，沐剑声下令整肃全岛，展开肃奸工作，按律抄没的一些鞑子死忠的官员和家族的财产，其中包括几名满族官员，以及昔日参与镇压岛上明军义士的元凶，累计近百官员、二十个大小家族，被沐王府秋后算账，抄家灭门。这种手段虽然看似残忍，却是很有必要的，因为只有这样，才能够净化内部环境，减少矛盾，震慑另外的那些墙头草，保证琼州大本营的安全，否则留着这些人私下搞小动作，给王府制造麻烦，那就是真正的养虎为患了。