除了防护坚固的核心舱防护外，为了保护战舰的主副舵室、传动大轴以及储备浮力，新航母在主装甲盒的两端还各设置有一段辅助装甲盒体。前后的辅助装甲盒均由舷侧装甲和穹甲组成，其中舷侧装甲厚度为60毫米，穹甲中间的水平部分和两侧倾斜部分厚度均为80毫米。
穹甲倾斜部分的倾角为68度，并且与舷侧装甲的底端相连接，这样舷侧装甲就和穹甲的倾斜部分就叠加在来袭炮弹的弹道上，共同构成辅助装甲盒的垂直防护体系。这样虽然艏艉辅助装甲盒的高度比较低，但防护强度和主装甲盒却是接近的。
这样新航母的主装甲盒和前后辅助装甲盒加在一起的长度超过190米，占到了舰体总长度的四分之三以上，保护着全舰接近90%的排水量。主装甲盒内部和舵室上方还有厚度*********，以防止破片侵入核心舱和舵室。
以上这些防护设计，使得未来新航母在面对敌方的攻击时，虽然依然可能被俯冲或者水平轰炸摧毁飞行甲板和机库，导致航空运作能力下降或者丧失，但却不大容易损失航速。也就是说在正常情况下，新航母即使被*********、*********米舰炮命中几发，也有较大的概率能够依靠高航速脱离战场。
至于舍弃飞行甲板和机库的装甲防护，并不是因为海伦娜不想在这方面有所作为。而是因为根据设计师们的估算，如果要在保证核心舱防护强度和高海况适航性的同时，采用装甲飞机甲板并保证足够的航空运作能力，可能需要*********能打发得下来。这样与其顾此失彼，还不如将宝都押在核心舱防护上。
工程师们的这个结论也大体符合上个位面的实践经验，上个位面英国建造的装甲航空母舰数量并不算少，但是能基本达成各方面性能均衡的，只有两艘战后建成的标准排水量高达38000吨级的“鹰”级航空母舰。至于其它那些排水量不足*********各种明显的短板。比如采用单层机库的“光辉”级航母的正常载机量只有可怜的30多架，再比如采用双层机库的“怨仇”级航母每层机库的高度只有寒酸的米。
可惜后来在英国工党政府的经费锉刀之下，“鹰”号和“皇家方舟”号这两艘最接近完美的装甲航母，竟然成了英国建造的最后一型能够起降常规固定翼战机的航空母舰。再往后英国就只有垂直/短距起降的航母可用了，基本上完全放弃了脱离美国进行独立远洋作战的能力，以至于对付阿根廷这样空军力量很弱的国家，都让英国皇家海军感到异常吃力。这大概就是所谓的“敌在威斯敏斯特宫”吧？
虽然出于工程技术跨度和性能平衡取舍的考虑，德国人准备建造的新航母并没有成为后世许多军迷所喜欢的装甲航母。但是与上个位面同样采用核心舱防护思路的其他航母相比，新航母的防护水准还是不错的，就算和比自己大了*********“翔鹤”级舰队航母相比，也可以打得有来有回。更准确地说，新航母除了弹药库的水平防护不如“翔鹤”外，其他方面的防护能力都可以达到或者超过上个位面“翔鹤”级的水平。