黄兴从芜湖离开后，回了上海，号称要出国考察。方剑雄失望之极，还得派军舰送他回去。原本打算劝两句，想想还是作罢，终究是道不同。
按照三方商议修订后的临时约法，新的民国采取内阁制度，在上海组织大选的宋教仁要去北洋组阁。
方剑雄在这个时候，已经基本完成了各部队的集结。与此同时，北洋新编三个步兵师也建成，一色的日制装备，从东北调山东的原第二十镇，扩编为两个步兵师，师长分别为武祥帧、卢永祥，这是老袁的手段了，分化瓦解，吞掉了第二十师。扩编部队也都是日械，同时北洋利用善后大借款，编了两个重炮团，装备日制105野炮。这一番扩军，让两头卖军火的小日本挣了不少钱。
宋教仁北上组阁，黄兴、廖仲恺、于右任送行，在上海火车站的人流中，意气风发的宋教仁一再道：“留步，留步。”
黄兴想起方剑雄说的话，提醒一句道：“渔父，方扶国让我提醒你，不要忘记吴禄贞之死。”宋教仁不以为然的摆摆手道：“如此冒天下之大不韪，项城不敢为也。”
完宋教仁就上火车，刚迈出一只脚，里头突然出现一个矮个军装汉子，对着宋教仁开了一枪，宋应声捂着腰，坚持了一下没坚持住，摇摇晃晃的倒下，血从指间溢出，浸湿了精心准备的礼服。这一幕就发生在眼前，黄兴直接呆掉了，眼睁睁的看着现场大乱，都忘记上前去扶。最后还是廖仲恺先回过神来，大声疾呼：“快救人。”
一行人七手八脚把宋教仁抬上汽车，就近送到靶子路的沪宁铁路医院抢救，宋教仁腰眼中枪，取出子弹后发现弹头有毒。宋清醒后留遗言：“余北上之目的，在于协调南北意见，集中全国力量一致对外。又称：望总统开诚心，布公道，竭力保障民权，俾国会确立不拔之宪法，则仁虽死犹生。”
31岁的宋教仁，留下遗嘱后就死了。政党宪政的道路中断，留下一地的鲜血。
15日，孙与陈其美自日本返回上海，此惊天血案，意外的很快有了结果。一贯低效率的上海政府，一改过去的拖沓，案发三日之后便抓到了凶手。此时，恰好孙、陈至上海。
经查，组织者为上海大流氓应桂馨，同谋内应为内务部秘书洪述祖，凶手武士英，主谋为唐绍仪去职后的新任内阁总理赵秉钧。因为从应桂馨家中搜出凶器和密码本，可以说是铁证如山。
武士英欲把杀人一案全部抗下，不了应桂馨落网后，查处诸多铁证。此事被报界捅出去，天下哗然。北洋临时政府内阁，对此居然做出了一件让人哭笑不得的事情。
17日，赵秉钧在案件被捅出来，全国皆知后，通电称：沪上发现一种监督政府、政党之裁判机关，宣告宋教仁、袁世凯、梁启超、赵秉钧、王荣宝等人之罪状，特先判宋教仁之死刑，即时执行。这是恐怖组织中华共进会，会长是应桂馨。该组织，专门以暗杀政要为手段，以求达到政治目的。并称，昔日同盟会以刺杀手段达到政治目的，开了恶例。
回到上海的孙立刻致电方剑雄，称：袁世凯暴露出独裁者的真面目，当以武力讨伐之。
方剑雄回电称：早有预料，一语陈箴。即准备起兵讨袁事宜。
这一时期的民党，军事力量上拜方剑雄所赐，可用之兵有四个完整的步兵师，比历史上要强大很多，一干师长都是国民党的人。也许是因为有方剑雄的存在，历史上瞻前顾后的民军，在一次意外的坚定。
得到方剑雄的回答后，孙通电全国：“袁世凯破坏共和，为全国之罪人。呼吁各省，起兵讨袁。”
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