明军兵分两路，一路乘船进入泗水，猛攻泗水城。
另一路抵达马都拉岛的舰队，以猛烈的炮火几乎夷平了马杜雷特纳城。
马都拉岛的土邦屈服，不再支持叛军，现有口岸不再向爪哇输送部队。
切断了叛军的兵源后，这一路明军重返爪哇，分头包围已落入叛军之手的北爪哇城镇。
叛军被分割在各处城镇，马打蓝军队也趁机反攻，对叛军形成了双面夹击的有利形势。
而猛攻泗水的明军，也取得了初期的胜利，穿越沼泽地带，迫近了城垣。
此时，特鲁纳贾亚并不愿意同明军发生冲突。
但大量来自苏拉威西岛的流亡者反对妥协，已经参加起义的地方贵族，也不愿在事后遭到马打蓝苏丹的清算。
围绕着泗水城，双方的战斗不可避免，并很快就见了分晓。
特鲁纳贾亚在占领泗水的一年多时间里，已重建了城市防御，自认为非常坚固。
而且，在泗水，叛军集中了一万多人的主力部队。
但明军的强大，还是让叛军知道了实力的差距有多大。
明军将围城堑壕挖掘到堡垒跟前，先是猛烈的炮轰，再是步兵的冲锋。
叛军虽然有不少火枪火炮，但性能和威力都大大落后，甚至，火枪还没有装备刺刀。
明军先是远距离的炮轰枪击，在敌人付出惨重伤亡而接近后，又在火枪的射击间隙发动白刃冲锋。
叛军在近身战中迅速落败，局部溃败也迅速蔓延到全城各处，只坚持了一天，泗水城便被明军占领。
那些守卫各城镇的叛军，也纷纷被击败，北爪哇沿岸要地几乎全部被明军所占领。
但形势再次发生了意外的变化，特鲁纳贾亚并没有因泗水的溃败而丧失斗志。
他率领部下开始转战岛屿内陆，并以极快的速度直取马打蓝王都。
这孤注一掷的行动，迫使苏丹阿莽古拉特一世携太子仓惶逃到巴达维亚。
但苏丹阿莽古拉特一世因年老体弱和舟车劳顿，而病死在半途中。
临时继位的阿莽古拉特二世则不惜答应更屈辱的条件，求明军扑灭叛军势力。
李春生爽快地答应下来，终于有了强化全岛控制能力的名义和良机。
在得到了马打蓝王室支付的巨额军费，以及五千吨大米后，明军开始了更加积极勇猛的行动。
最后的决战是在叛军的大本营谏义里城展开，特鲁纳贾亚发现，由于明军屡战屡胜的威势，绝大多数的加盟者，已经重新改换门庭。
再加上此前的战损和逃兵，庞大的要塞城池，竟然不得不靠一千人来垂死挣扎。
看似强大的谏义里城，迅速被明军攻占。却仅付出了六人阵亡、二十余人受伤的轻微代价。
而先前被搬运至城里的马打蓝王室金库，也被明军所缴获。
侥幸出逃的特鲁纳贾亚还企图在爪哇东部东山再起，但众叛亲离，很快被土邦领主抓获，并献给了阿莽古拉特二世。
至此，震撼全爪哇的特鲁纳贾亚叛乱被彻底扑灭。
明军成为最大受益者，不仅控制了大部分关键港口，还使马打蓝苏丹国接近于臣服。