“催促战船，加速前进，今夜天黑之前，拿下澎湖。”施琅扬声说道。
旁边的水师将领脸色带忧，澎湖那这么容易拿下，势必是一场恶战。
出海之后，行到清水洋，福建水师突然遭遇台风，风云翻滚，恶浪滔天。任凭施琅航海经验丰富，依此时的战船水平，根本无法抵御那样的狂风巨浪。
施琅一捶桅杆，只好下令返航，令旗挥动福建水师第一次伐郑之行就这样无疾而终。
回到福州之后，朝中的侯玄演和兵部尚书姜建勋商议一番，一致认为是否绕过澎湖直取东番岛才是好主意。
命令传到福州，施琅奋笔疾书，写下洋洋洒洒万字奏章。陈述东番本岛地域狭窄，缺乏战略纵深，澎湖是其外围防御的唯一屏障。澎湖一旦攻陷，东番岛不攻自破。
侯玄演深夜召集几个曾在福建为官的大员，一番讨论之后，大家各执一词。
最终侯玄演拍板决定，将在外君命有所不受，施琅竟然执意先取澎湖，自己就不微操了。二战时苏德战场的例子告诉侯玄演，哪边的最高统帅插足战争的指挥，自己这一方势必要蒙受巨大的损失。后来的蒋中正，又一次证明了这一点。
侯玄演对海战一无所知，他唯一一次在登莱出海，还有些晕海。那是对无尽的蓝色最深的恐惧，因为任凭你权势滔天，在海上的天威面前，也将无能为力，化身为最渺小的存在。
得到了侯玄演放权的施琅，更加坚定了报效朝廷的心思，九月下旬日本来的援兵及时赶到，松江、登莱、福建三大水师联手，再一次誓师出海。
施琅率领大型战船三百余艘、水兵四万余人、五百余艘中小战船，从福建东山岛扬帆启程，进逼澎湖。
二天后，施琅攻取了澎湖港外的虎井、桶盘二岛，扫清了外围。
四天之后，施琅亲率六十只大型战船组成的主攻部队，正面进攻郑军主阵地娘妈宫;登莱水师提督王行率领由五十只战船组成东线攻击部队，从澎湖港口东侧突入鸡笼屿，作为奇兵，配合主攻部队夹击娘妈宫;松江姚一耀率领七十只战船组成的西线攻击部队，从港口西侧进入牛心湾，进行佯攻登陆，牵制西面的郑军。此外，剩余战船作为预备队，随主攻部队跟进。
郑家和施琅都知道这是决定命运的一战，于是一交手便展开了厮杀，激战历时七昼夜。
南海波浪滔天，炮声不断，血流染红了这片海面。
施琅巧妙利用有利的西南风向条件，采取“五点梅花阵”战术，即用多艘战船围攻郑军一艘，集中兵力作战。顿时，茫茫大海上朵朵“梅花”飞舞，大明水师越战越勇，一举攻克澎湖列岛，击毁郑军大小战船近两百艘，歼灭其精锐。
郑芝龙侥幸依靠熟悉的地形带少数部下逃回东番岛。
消息传到金陵，侯玄演欣喜若狂，在王府设席大宴群臣。