不过日本政府在这个时候的行事还是分寸的，立到极时的釆取了措施，首先下令对东京实施军管，并加派了巡视的军队、警察，一但发现有违法乱纪者，可以当场击毙；其次是封锁了出入东京的所有道路，严禁居民从东京逃离，这样都逃不出去，也就只好留下来；最后严令传播流言，聚众闹事，一率严办。而且就在第二天，明治天皇颁布诏书，号招东京的居民要团结起来，与人民军决一死战，保卫东京，保卫日本，并且宣称皇室所有成员，都将誓与东京同存亡等等。
由于多年的造神，天皇在日本社会中的威信力还是相当高的，因此天皇的诏书颁布，再加上日本政府的强硬措施，终于让东京又恢复了正常秩序，同时军心士兵也得到了一定的提升。而桂太郎、伊藤博文、山县友朋等人也才松了一口气。
其实在石冈失守之后，明治天皇就将桂太郎、伊藤博文、山县友朋招入皇宫问讯，并对三人大发雷霆，指责三人有负天皇的信任，将国事搞得一团乱糟。而面对天皇的雷霆震怒，三名日本最具权势的政治家也都只能跪伏于地，向天皇请罪。
其实明治天皇并没有什么实权，但由于日本政府为了将天皇塑造成日本的形像代表，成为日本民众的共同信仰，以加强日本的凝聚力，因此刻意的将天皇进行神格化，结果反面造就了这样一个怪胎，明明没有政治实权，但在日本政局中却有就无上的权威，连掌握了政治实权的人也必须拜伏在他的脚下。
随后明治天皇才似不经意的称，鉴于现在东京的局势危急，皇室成员是否应撤离东京，暂时避其锋芒，否则万一人民军攻入东京，存皇室成员受辱，将是日本永远的污点。
桂太郎、伊藤博文、山县友朋都是人精，那还不明白天皇的真实用意，其实就是对目前的战局没有信心，害怕东京被人民军攻破，因此想逃离东京。不过三人也都十分清楚，一但天皇撤离东京，那么东京的军心士气将会立刻全盘崩渍，这一仗也就不用打了，无论如何也必须说服天皇留下来。
于是三人立刻向天皇陈明厉害，在这个时候是决不能撤离东京的，否则日军必败，日本也将亡国灭种，并且又再三向天皇保证，只要天皇不离开东京，那么日本军队将绝对会守住东京，誓死保卫天室，决不会让皇室受辱。
明治天皇也知道，如果这三个人不同意，自己也不可能离开东京，没有政治实权是自己最致命的弱点，因此也只能免强同意留在东京，并且发表了诏书提振士气。