下设6个大职能部门，部门负责人均为军委委员：
总参谋部，总参谋长肖建军，主要责任范围是作战筹划、指挥控制和作战指挥保障，研究拟制军事战略和军事需求，组织作战能力评估，组织指导联合训练、军事演习，战备建设和日常战备工作等职能。
总政治部，主任秦铮，主要责任范围是全军建设、组织工作、政治思想教育和军事人力资源管理等职能
陆军部，部长诸亚平，兼任陆军总司令，主要职责为负责陆军的编制建设、军事训练与部队管理等日常的经常性、基础性工作，并参与陆军的作战筹划、指挥控制和作战指挥保障，研究拟制军事战略，和军事需求，军装备发展规划计划、研发试验鉴定、采购管理。
海军部，部长昆明舰舰长尚晋峰，兼任海军总司令，主要职责为负责海军的编制建设、军事训练与部队管理等日常的经常性、基础性工作，并参与海军的作战筹划、指挥控制和作战指挥保障，研究拟制军事战略和军事需求，军装备发展规划计划、研发试验鉴定、采购管理。
装备发展部，部长昆明舰政委张维宁，主要职责为负责全军装备发展规划计划、研发试验鉴定、采购管理、信息系统建设等，着力构建由军委装备部门集中统管、军种具体建管，军、战区联合运用的体制架构。
后勤保障部，部长太湖舰舰长谢腾，主要职责为负责全军后勤保障规划计划、政策研究、标准制定、检查监督等职。并着力构建调整优化保障力量配置和领导指挥关系，构建与各军种的作战指挥体制相适应，统分结合、通专两线的后勤保障体制。
另外还设有六个直属机构，直属机构负责人均为军委候补委员
军委办公室，主任是襄阳舰副政委吴凯，主要职责是负责军委的日常行政管理保障工作，
纪律监察处，处长是岳阳舰政委蔡宁，主要职责是负责对军队的纪律、作风、行动、执行任务等进行监督、检查，推进依法治军、从严治军，防范和查处军队违法犯罪活动，并向军委各机关部门和战区、军区分别派驻监察人员，发挥监督监察作用。