而除军机大臣之外，清廷还有四个重要的官职，就是北洋大臣、总理府衙门、直隶总督、武卫五军总节制。在甲午以前，除武卫五军总节制之外，其他三个都是由李鸿章一人兼任。
其中算北洋大臣的责权极大，理论上来说可以管理直隶（今河北）、山东、奉天（今辽宁）三省通商、洋务，办理有关外交、海防、关税及官办军事工业等事宜。这样重要的职务，自然是交给满人，因此由庆亲王出任。
总理府衙门最初主管外交及通商、关税等事务，后来连筑铁路、开矿、制造枪炮军火等事务制造枪炮军火等事务也归它管理，和北洋大臣有相当一部份重合，主要是因为在曱午以前，这两个职务都是由李鸿章兼任，现在又回归到外交及通商、关税等事务，当然是由这方面最在行的李鸿章负责。
武卫五军总节制实际是总督北京的军队，职务虽然不高，但却是至关重要，一向都是荣禄出任，现在当然也不例外。
而直隶总督袁世凯未入军机，因此看似满汉平分秋色，但实际是满人稍胜一筹，慈禧做出这样的安排，也是煞费了一番苦心的。
主要的持政官员确定下来之后，慈禧又以光绪的名议，发表了一道【倡议直言诏书】，又称【辛丑变法诏书】，正式宣布清廷变法，对清廷以前的做为进行了深刻的检讨。并且要求各地官员，都可以对朝廷的制度提议改革，这也就是旧时空著名的清末新政。
同时清廷还专门成立了一个专门理变革新政的机构，叫督办政务处，负责办理学校、官制、科举、吏治、财政、军政等变革事务。由庆亲王、李鸿章、荣禄、王文韶、赵舒翘、鹿传霖、瞿鸿禨等人担任督办政务大臣，刘坤一、张之洞、袁世凯等人为参预。负责制订“新政”的各项措施，接受各地官吏章疏，办理全国学校、官制、科举、吏治、财政、军政、商务、邦交、刑律等事务。
其实在西安的时候，慈禧就己经开始反思以前的做为，有一点是确定的，就是朝廷的制度确实到了非变不可的地步，死守着老一套，大清非亡国不可，何况现在朝廷的大患可不仅仅是洋人，身边还多了海外华人这只猛虎，而且海外华人对朝廷的危胁更为巨大。
现在慈禧也十分后悔，绕了一圈最后还是绕到变法这条路上，早知如此又何必当初。其实从慈禧心里来说，并不排斥变法，把她说成是保守派，也未免有些冤枉，如果慈禧真的保守，也就不会有洋务运动了，而慈禧最关心的是自己的权力，正是由于戊戌变法威胁到了她的权力，因此慈禧才毫不犹豫的废掉变法，囚禁光绪，但现在想来，当初到不如由自己来主持变法，一来不会由光绪乱来，二来也能保住自己的权力。但现在后悔也晚了，只能再回头拾起变法这面大旗来。
当然，清廷回京之后，天津分治的问题也就不能再拖下去了，虽然海外华人暂时不会和朝廷翻脸，但漕粮、税银的运输问题却是要马上解决的，于是慈禧立刻下令，命令直隶总督袁世凯立刻与海外华人进行协商，尽快解决天津分治的问题。
袁世凯也不敢怠慢，立刻向天津发公文，要求立刻进行协商，落实青岛密约中关于天津分治的协议，而李松晨接到了袁世凯的公文之后，也马上向华东政府报告。