这次海参崴分舰队共计击沉了4艘舰，俘虏2艘，洗劫4搜，日本共计损失船舶3.6万余吨，死伤2500余人。而日本政府也隐瞒不了这一次的损失，因此国内顿时舆论大哗，纷纷批抨海军未能尽责，才导致运输船受到俄舰的攻击，而第2战队的司令上村彦之丞成为民众们发泄怒火的对像，私邸被暴怒的民众捣毁。
就在这时，欧洲那边又传来消息，原来俄国打算从波罗地海舰队调到远东来，增加远东舰队的实力。如果波罗地海舰队真的到达远东，和太平洋舰队汇合，那么俄国海军的实力将远凌驾于联合舰队之上，毕竟联合舰队己经损失了两艘战列舰。
虽然在开战之前，日本己在英国定制了两艘更为强大的战列舰香取号、鹿岛号，但这两艘军舰要到1906年中期才能完工，远水解不了近渴。
而这时日本政府才意识到，这场战争可没有那么容易，虽然现在日本还占有一定的优势，但这种优势并不稳固，随时都有可能翻盘，因此在这个时候还不能完全拒绝华东政府。
果然，就在这时，华东政府向日本表示了严正的抗议，认为日本完全是在有意推托，没有合作的诚意，因此拒绝再向日本提供物资。
日本政府赶忙进行协商，认为现在虽然还不能完全拒绝华东政府，但暂时在战场确实是占有一定的优势，到也用不着华东政府出兵，而且这样拖着也不是办法，不如和华东政府说清楚。于是日本政府通过青岛领事馆向华东政府解释，不是日本有意推托，而是因为现在的战事太忙，抽不出时间来。并且向华东政府提议，现在的战争局势，日本尚可支持，到也不用华东政府立刻参战，不如华东政府暂时不参战，而是全力准备，等到1905年，准备充份了之后再出兵参战，那时华东政府也能够确定能够投入的兵力，这样双方也好协商俱体的作合方式。同时也希望华东政府能够继续提供物资。
华东政府协商之后，认为日本政府的这个建议是可以接受的，而且还可以用这个借口全力的备战，因此也就答应下来，并且也答应仍然向日本提供物资，但要求日本履行在战前双方达成的协议，在双方未能协商好联合作战的作合前，保障在辽东的海外华人的权益，并且有重大军事行动前，预先通知华东政府。日本也都全盘答应下来。
协商好之后，日本政府也松了一口气，总算是不用和华东政府扯皮弄筋，全力将精力都投入战事中，进入7月，海参崴分舰队再度出击，又击沉了数艘运输船，而日本陆军部又成立了第4军，投入辽东战场，并且准备分南北两线，同时发动进攻旅顺作战和进攻辽阳作战，力图一举歼灭俄军主力。