宣读了圣旨以后，李莲英又恭恭敬敬给李鸿章上了三柱香，又向李经方、李经述、李经迈说了几句“节哀顺变”之类的安慰话，这才告辞回宫去了。
本来李鸿章在清廷就是位高权重，而朝廷对他又是恩加有甚，因此王公大臣们自然也都不敢怠慢，和李鸿章交情好的自不必说，能够亲自来拜奠的决不会遣派家人，有些文采出众的人，还写了挽联，张之洞还亲自给李鸿章写了一篇祭文，袁世凯也专程从天津赶来，并给李鸿章守了一夜灵，而既使是李鸿章的政敌对头，也都派遣有头脸的家人来拜奠，总体看来，李鸿章的葬礼是相当的风光。
7天以后，李经方、李经述、李经迈、以及张佩纶、李经璹扶灵回乡安葬，几乎整个京师的官员都来相送，送行的队伍排出20多公里。李鸿章在北京的住宅改为他的祠堂。
而等李鸿章的灵柩走了以后，在朝中的一场明争暗斗也立刻展开，现在李鸿章是军机大臣，名副其实的李中堂，而李鸿章死了，就空出了一个军机的缺额，当然军机大臣的数量本来是不固定的，多一个少一个都可以，但现在清政己经从庚子国变中恢复过来，而新政也搞了4年，因此慈禧也想对军机处进行一次大的改组。这一来自然有许多人都生出争取一下的想法。
就在李鸿章的灵柩离开北京之后的第二天，清廷正式下旨，公布了新的军机处名单，军机领班仍然是庆亲王奕劻，其他人是张之洞、瞿鸿禨、醇亲王载沣、世续、那桐、鹿传霖、袁世凯。其中后4人都是第一次进入军机处，整个军机处换了一半的人，动静不可谓不大。而对清廷的政局影响，更是深远。
现在的清廷政治局面十分复杂，派系众多，当然这也是慈禧刻意造成的局面，而各政治派系中，势力最大的是以庆亲王和袁世凯为首的实权派。
在庚子国变以后，袁世凯就在努力的拉陇自己和庆亲王的关系，因为这时清廷由亲王担任军机领班己成为惯列，而庆亲王的资历最老，并且又得慈禧的信任，因此袁世凯认为在未来相当长一段时间内，都会是由庆亲王担任军机领班，而袁世凯要巩固自己的权势，自然要和庆亲王交好。而庆亲王又一向贪财，于是袁世凯投其所好，大笔大笔的银子奉上，两人的关系也迅速升温，最终结成同盟。