内阁三人组确定下来，六部长官也有了人选，南京朝廷终于开始运转。
刚刚成立的朝廷，大明的局势又如此复杂，事务极多，史可法、路振飞、王铎三个阁老每日忙的连轴转，处理着庞大而繁杂的事务。崇祯更是彻夜批阅奏折，勤政程度一如以前。
有感于人手不足，大学士王铎经史可法同意，奏请崇祯要求增加内阁成员。五月二十五日，经过廷推，礼部尚书钱谦益成了第四个内阁成员。王铎自感资历威望均不如钱谦益，主动避让，钱谦益便成了史可法路振飞之后排位第三的阁老。
朝廷新立，各部门缺额严重，接下来的时间，围绕着各个重要部门的空缺，各个内阁成员以及南京一众官员展开了激烈的人事斗争。特别是哪些想要在仕途上更进一步的官员，想方设法走着门路，拜门庭拉关系八仙过海各显神通。
逐渐的，官员们形成了三个派系，一是以内阁首辅史可法为首的清流派，其中成员包括刑部尚书吕大器工部尚书何应瑞等人；再就是内阁次辅路振飞的淮扬系，重要成员就是户部侍郎王寅，左中允袁可望等人；第三派则是钱谦益为首的东林派，包括阁老王铎、吏部尚书张慎言，户部尚书高弘图等人。
三个派系中，以钱谦益的实力最强，路振飞的淮扬系实力最弱。毕竟钱谦益是东林党党魁，在官绅中威望极高，很多东林党出身的官员自然而然的向其靠拢。
但因为在福王之乱中，钱谦益首鼠两端，失分极多，导致了一些持身甚正的官员瞧不上他的为人，而选择投到了人品正直品格高尚的首辅史可法麾下。
淮扬系虽然实力最弱，但路振飞深受崇祯信任，未来的前景分毫不差。而钱谦益和史可法又都属于东林党，两系的官员原本一家，所以整个朝堂局势可以说是错综复杂。
不过因为朝廷新立，有太多的利益可供大家瓜分，所以大家还未出现太大的分歧，也就没有太过激烈的党争出现，暂且算得上是一团和气。
现在朝廷最重要的事情有两个，一个是如何面对北方的强敌，再就是怎么处理涉及到福王之乱的人员。
北方的消息逐渐传来，在吴三桂的带路下，满清大军入关，吴三桂和满清联军在山海关击败了李自成的大顺军。匪首李自成被迫退出了北京，清军和闯贼如今正在北方进行激战，一时半会儿还不会对南方形成威胁。
针对如何处理吴三桂的问题，朝堂上众官员分成了两派，一派认为吴三桂以为崇祯殉国，为了替崇祯复仇，这才借兵剿贼，是大大的忠臣，史可法钱谦益均持此意见。另一派以次辅路振飞为首，认为吴三桂引清兵入关，相当于引狼入室，事实上已经背叛了大明，吴三桂此人已经不再是大明的臣子，根本指望不得。
朝堂上，两方针对这个问题展开了激烈的论战，路振飞势单力薄，在辩论上根本不是对方的对手。为了支持路振飞，陈越也上了奏折，言之凿凿道吴三桂绝对不会再回大明，加入了论战。
然而，就连崇祯都对吴三桂抱有幻想，认为他迫于无奈才借兵剿贼，不是真的背叛大明。在崇祯心里，闯贼要远比满鞑更可恶。满鞑只需要些子民财产就会退兵，而闯贼可是要夺去他的江山的。