面对这样的强敌，陈越并没有一点把握能够对付，他也不认为自己的领兵能力指挥作战会比多铎阿济格这样的打惯了仗的悍将要强。
若何才能战而胜之，如何才能取长补短，自然要靠更为先进更为完善的制度。所以，陈越对参谋司寄予厚望。
敌情司故名思义，自然是负责探查敌情。在战场上，能准确的探得敌方的情报做到知己知彼极为重要，关系到军队能否取得胜利。当然，在每一支军队中都有夜不收这样的编制，负责的就是探查敌情。
而都督府的敌情司职能超越了一场战斗探查敌情这么低级的任务，而是要在战斗未发生前，就要往敌方派出敌情人员，打探敌方的一切情报，兵力、布防、将领名字爱好等等，必要时还要担负着收买暗杀这样的任务，同时要防范敌方人员渗透。
按照陈越的了解，满清就经常采用收买明军将领、劝降这样的手段，不得不防。所以敌情司还有一个不能说的职责，就是监控己方重要将领！防止己方人员被敌方收买，甚至叛变。
在以前，是锦衣卫负责这样的职责，可是如今，锦衣卫只是初建，根本担负不起这样的重任。虽然现在的锦衣卫指挥使是陈江河，可毕竟锦衣卫是皇帝的亲军，名义上并不归陈越指挥。也许有一日，崇祯就会把锦衣卫交给他人，陈越不能把平南军的前途寄予不受控制的锦衣卫的身上。
镇抚司，自然是负责军纪，镇压军中贪腐之军官，负责军中秩序，战时负责督战，战斗中记录将士的战功。在明军中就有镇抚这样的职位，按照余枫林的筹划，在都督府有镇抚司，各营中也设有镇抚官，而各营的镇抚官受镇抚司直领，对镇抚官的工作，各营主将无权过问，更无权任命镇抚。
军械司负责军中所有武器军械之补充。新成立一支军队，不是招募几万士兵就可，要给他们配备铠甲武器。新成立的军队士兵个人战斗力不如敌军，经验不如敌军，各方面比八旗兵这样的军队都相去甚远，如何能守住江淮，只有在装备上下功夫。
虽然说士兵的装备要由朝廷负责兵部补充，可以兵部的效率兵部官员的贪腐程度，陈越根本就不敢指望兵部提供的武器铠甲。要负责武器的打造、修缮、保养，下面会设弓弩司、火铳司、火炮司、甲衣司等各个分司，计划征调南京有名的工匠填充军械司，在扬州直接开始工坊打造各种兵器。当然在平南军中，原来就设有将作营，也有几十位工匠，能制作一些军械，不过靠他们为数万大军提供军备，则远远不够。
一支庞大的军队事务极其繁杂，要想让士兵们安心训练打仗，自然要做好一切后勤工作，粮食蔬菜的补给，膳食的制作，营房的搭建，辎重的管理等等。当然，在每个营中，都会有一定数量的辎重兵，专门负责这些工作，不过各营物质的调配，则由后勤司负总责。