按照陈越和余枫林设计的幕府模式，以后平南军直辖的军队，各营将领只是负责领兵作战，而其他各种权力都收归幕府各司负责，军队士兵将不再是将领的私军，而是只能由平南侯陈越一人控制。
余枫林刚设计幕府时，不过是想借鉴朝廷机制管理军队，经过陈越的参与修改，幕府的规模更为庞大，各项功能更为完善。若按这种机制补充好各司主事以及下辖人员，使之能够正常运转，可以预想的不久，这架精密的机器将会飞速转动，为陈越提供源源不断的精锐而且忠心的士兵。
可是，这也等于把原本属于朝廷兵部的权力改为幕府所有，而不管军队发展到多大规模，都是平南侯陈越的私军，朝廷根本没法调动，若是有朝一日平南军发展到一个庞然大物，会不会对朝廷对大明产生威胁？余枫林自己想想都觉得恐惧，恐惧之后也有丝丝的期待......
幕府设置了六个司陈越还不罢休，仔细思考之后又增加了主管职方司，管理军队各级军官将领的人事升职一应工作。各营官兵的员额、士兵军官的名录都在职方司存档，而军官的升职降职均要职方司批准才能生效。
这样算下来，幕府就有七个司，每个司设立一正二副两个主事，下面再分设各堂，需要的官员就达数十人近百人，还不算吏员仆役，幕府众人都不再朝廷编制，都需要陈越自己找人，可一时间又哪里有这么多的人才？想要完善幕府非一日之功。
余枫林已经被陈越委任为参谋司主事，暂时负责幕府工作，在淮安练兵的杨正平被任命为战训司主事，很快会带领军队回扬州上任。杨正平粗通文字、熟悉平南军军制，任战训司主事很是适合。
原来高杰和刘良佐两部的降军万余人已经被杨正平训练月余，陈越再计划招募两万新兵，统统由战训司负责新兵训练工作，三个月后，会把这批新兵编制成伍，计划编为十个营的新军，沿着淮河一线布防。
敌情司的主事暂时由卫阳担任，他原先是夜不收的首领，任这个职位还算对口，不过卫阳人比较老实，权变不足，陈越打算过段时间再找到合适的人选代替他。
镇抚司主事由单明磊担任，单明磊一直负责平南军的军纪，又有着秀才的功名，足以升任这个职位。
至于军械司，主事则由原来的将作营主事李雄担任，考虑到李雄只是个军匠出身识字不多，陈越任命了潘学忠副之。潘学忠是洋人汤若望的干儿子，学贯中西，原本担任主事也足以升任，不过资历相差李雄甚远。
后勤司主事由张程凯担任，张程凯一直管着平南军的粮草，平日里把平南军后勤事宜打理的井井有条，出身浙江商人之家的他，胜任这个职位绰绰有余。
至于职方司主事，暂时由何禄担任，何禄也算是平南军的老人，平日里帮着陈越整理文书处理军中杂物很是辛苦，本身又有着秀才的功名，给他个主事理所应当。
各司主事的人选算是定了下来，但每司还需要大量的从吏，这就需要各个主事自己去找。陈越制定的规则是优先选用平南军军中之人，外部进人必须经过考核经由陈越亲自批准。