圣王御林军由殿左一指挥黄玉昆统辖，含亲卫营、细作营、监察营。
刘胜邦领亲卫营，目前暂时只有亲卫二百余人。梁立泰领细作营，有细作二百余人，大部在外探查消息，又从解散的后三后四两军中，挑选其中能战女兵补入四百余人，编进细作营，加强细作侦查力量。白晖怀领新成立的监察营，暂时从细作营中抽调十数人，专司监察各军将领之责。
后勤军，暂由冯绍光亲自统领，含女护营、绣锦营、器械营、辎重营。
挑选八百年轻者，皆编入女护营。剩余一千五百妇女，皆入绣锦营，由梁立泰之妻廖大妹统管，负责纺织布匹，缝制军服旗帜。女护营仍由胡大妹统领，由黄益芸日常教授医理，专司伤病圣军将士的救死扶伤之职。器械营和辎重营暂由剩余的童子军和原辎重牌尾等组成，分别由曾玉珩和周胜坤统领。
所有军营中专职圣教教职人员，均由广西老兄弟推举选出，再报冯绍光任命。
新编入的圣军战士大部分为道州附近天地会众，都是广西、湖南边境的农民，久经战事，其单兵作战等军事经验，已远远超过多年未曾训练的清廷绿营士兵，只是军事配合较差，属于流寇作战模式。而太平圣军的广西老兄弟，在一年来的厮杀中，迅速的成熟起来，基本具有下层军官的基本素质和临阵指挥才能。两者结合，则只待一个指挥者，将他们有效的组织起来，便能成为一股决定乾坤的巨大力量。
冯绍光，当仁不让地，成为了这个指挥者。
冯绍光根据记忆，又让谢享才搜集资料，进行整理，专门编写了初步的练兵之法。以明代著名军事将领戚继光所创的《纪效新书》和《练兵实纪》部分内容为范本，融合后世无敌军中的思想教育，形成了《圣军练兵纪要》。由于时间的仓促，暂时只收录操练、行营、实战、圣教组织建设等内容，其他胆气、营阵、守哨、战法、武器等内容，待日后再慢慢完善。
其中，圣教组织建设，乃是冯绍光根据后世无敌军的军队思想教育内容，结合圣教教条、圣军军纪等各方面内容，糅杂在一起的思想建设纲领，一个目的，就是给所有圣军战士，潜移默化地植入一切以圣教、圣王的思想为主导思想。圣军，以保护圣王和圣教为荣，以服从圣王命令为天职。
接下来，太平圣军一边组织牌尾和民壮搜罗道州城附近铁器、火器等，一边搜罗永州附近的铁匠，筹划铸造火炮，打制装备武器等。
而军营内部，由各级军营主官组织圣军军众，根据简要的《圣军练兵纪要》进行体能和军事操练。
每天夜晚，冯绍光则抽调圣军中各级专、兼职圣教教职人员，上夜校识字。由他亲自训话，宣讲灌输圣教指挥各级军队的理念。冯绍光训导，在人间，圣王是唯一与天帝对话的人，以免又跳出一些朱秀清、马秀清出来宣称自己是天帝代言人。然后，冯绍光将自己得到天帝搭救和指示的经历总结出来，再糅杂一些儒教、道教大家的语录，伪称为天帝言语，汇成小册子《天帝谕言》，组织夜校学习，给自己增添一份神圣色彩。
接下来，冯绍光套用后世得来的一点传销知识，组织卢七、胡大妹等亲信轮番上台现身说法，鼓吹圣教和圣王的神圣英明，营造会场气氛。同时，又宣讲推翻清妖朝廷，拯救汉民百姓，便是行善积德，将来灵魂得救，永享天堂，后世子孙富贵满堂。煽动得各级圣教教职人员心中热血沸腾，熊熊斗志激昂不已。
就在圣军如火如荼地整编操练的时候，冯绍光一面派遣大量细作撒布出去，探知永州方向清兵动向的同时，将他的目光，开始移向了南方不远的江华、永明两县。