?师：师只比旅高半级，同旅一样，同样为区域性独立作战单位。分为甲等师、乙等师二种。
师部内有师长、师执委、副师长、师副执委、师参谋长、副参谋长等人，同样在师部内设立参谋部，由师参谋长主管。
师部内还设有直属的警卫营、侦查营、传令连、医护排、炊事后勤排等。
甲等师含6个主战步兵团，再加2个单独的600人的炮兵团和1个600人的工兵团，还有1个400人的特战营和1个400人的敢死营，合计9个团，计11500人。
乙等师含6个主战步兵团，再加1个单独的600人的炮兵团和1个500人的工兵团，合计8个团，计10000人。
军：军是设置的最大作战单元，主要按地域进行划分。
目前讨虏军整个设置为五军，廣东境内的为中华讨虏军第一军和第二军，廣西境内的为第三军，而湘南一带，则为第四军，原来湘江上的水师及珠江口水师，包括珠江沿岸炮台等，划为第五军。
原有的“太平圣军”职务废除后，统一采用《中华讨虏军编制章程》中规定的军职，所有原军职人员，重新自上而下进行选用。
军级人员目前暂不任命，师级以下，根据军衔和职位，自动转职。
《中华讨虏军编制章程》中又规定了军队的军衔等级。
从高至低，依次为：
元帅，由冯云山亲自担任。
将官：上将、中将、少将。
校官：大校、上校、中校、少校。
尉官：上尉、中尉、少尉。
士官：上士、中士、下士。
士兵：上等兵、列兵。
《章程》还补充规定了原来的太平圣军层级和新的军衔层级及配套职务的对应关系。
原来的太平圣军中普通圣兵对应士兵和士官，根据入伍年龄和立功大小，进行划分。
原来的两司马对应少尉军衔，转任班长或排长；
卒长对应中尉及上尉军衔，转任连州；
旅帅对应少校军衔，转任营长；
师帅对应中校军衔，转任副团长；
军帅对应上校军衔或大校军衔，转任团长或副旅长；
而监军、总制和将军对应少将军衔，转任旅长或副师长；
检点和指挥对应中将军衔，转任师长。
丞相以上对应上将军衔；皆转任师长及以上。
这样一来，所有人员的编制、职务及对应军衔，都较为明确。
当然，具体一些细节，《章程》无法面面俱到，还需要根据具体情况来进行认定。
同时，冯云山为了加强对军队管理，配合推进军制改革，根据手下主要将领的积功情况，准备对立功人员进行了晋升提拔。