在最重要的员工安置问题上，区里给出了两个方案，一是区里在转让企业股权的同时，用转让获得的资金，对员工进行安置补偿，这个方案被有心参与农机二厂改制的管理层拒绝，因为这样一来，意味着他们要拿出二千万，才能获得区里掌握的农机二厂的股权，如果拿少了，得到的股份也少。
第二个方案也是区里提出来的，就是按照合同工每人两万的标准，按照工龄进行相应的增减，然后直接折算相应的股份，也就是八百万股份，按照净资产相对应的2000万股本，员工占股八百万，区里还剩下1200万。
这个方案也是管理层所无法接受的，按照这个方案，管理层要拿出1200万收购区里掌握的股份，剩下还有700万股份掌握在银行和债权人手上，员工手上还是800万，他们手上的股份还不到总股份的一半，还不能够控股。
农机二厂的管理层另外提出了一个方案，就是按照老的办法，由农机二厂承担员工安置工作，并抵扣相应的净资产。也就是说，管理层还是只要出1200万，就能获得2000万净资产相对应的股份。相当于将员工安置工作的费用转换成为企业债务，然后直接抵扣净资产，并将企业净资产调整为1200万。
对这个方案，包飞扬并没有同意，这个方案的问题很大，农机二厂后续不可能拿出一千多万补偿给员工，就算包飞扬同意，厂里的员工也不会相信，而员工问题是企业改制过程中最大的隐患，一旦处理不好，很可能出现上访等群体性事件。
包飞扬的态度很明确，企业改制，为了让企业获得新生，摆脱之前的包袱，国家和集体肯定要做出牺牲，企业的价值想要得到充分实现，难度非常大，尤其是在大量企业需要在短时间内进行改制的情况下，即便包飞扬已经发动了全部资源，也很难对上千家大小企业进行充分的市场竞争，通过竞争让企业价值得到实现。
农机二厂的情况相对比较好，海州市农业机械公司和一家韩资机械公司都有意参与农机二厂的股份化改造，而区里的政策是在条件接近的情况下，企业改制优先向管理层倾斜。
不过，农机二厂的情况是工厂规模比较大，管理层拿不出相应的资金，在工厂资产已经进行了相应扣减的情况下，依然在员工安置问题上出现了比较大的障碍，在这种情况下，包飞扬果断让海州市农机公司和韩资机械公司参与改制竞争，并尽可能促成三方的合作。
在存在竞争的情况下，农机二厂管理层希望压低净资产规模的想法自然就行不通了，最终在区政府的协调之下，达成了多方合资协议。其中韩资机械公司直接出资两千万，获得企业百分之四十的股份，部分债权转股权，最终占股百分之十，海州市农业机械公司、浦江农机集团也分别入股，分别占百分之十的股份，另外管理层持股百分之十，员工持股百分之五，区里面还持有百分之十几的股份……
通过改制，汇浔区政府直接入账了三千多万资金，除了拿出几百万资金用于员工安置，收获要比原来的方案多出了不少。
农机二厂的管理层虽然非常不甘，但是很显然，他们拿不出相匹配的条件，他们能够提供的条件要比现在的方案差很多。不过区里面还是对他们为农机二厂做出的贡献给予了肯定，给了一部分干股，加上他们自己也拿了一部分钱，获得了改制后新公司百分之十的股份。
从表面上看，农机二厂的股份制改造价格要比净资产高出了一倍多，实际上区里另外还承诺了一系列的税费减免、土地租金减免、债务抵扣、员工安置，还接手了部分负担比较大的三产等，实际上溢价的这部分，还是会以一系列的优惠政策给予返还减免，另外还承诺将会划出一块新地方，按照优惠政策提供给农机二厂建设新厂。
但是通过这样的运作，政府获得了宝贵的资金，企业理顺了产权关系和劳动关系，减轻了负担，抵扣了坏账，抛掉了大部分不良资产，为企业下一阶段的发展，奠定了良好的基础。
在改制工作中，进展最快的基本上也是一些合资和引入外部资本的股份制改造项目，这些企业的基本情况还算不错，只是因为一些历史原因，造成企业的经营和效益出现了问题，引入外来资本和企业进行合作，剥离了部分不良资产，理顺产权关系和劳动关系以后，这些企业的发展前景还是被看好的。