王文龙急忙走到李贽床前，认真的说：“卓吾先生，此次事情非同小可，若被钩党缉拿，先生怕是再无见天日之时也，就看先生现在的身体，难道还能经受住牢狱苦楚？”
李贽沉默，突然对自己的小徒弟汪本钶道：“扶我起来。”
在两个徒弟搀扶下，他勉强坐起，忍住疼痛对王文龙笑道：“我心知自己情况，即使不入牢中也活不过几年了。若是我此时逃跑，当然能免过牢狱之灾，但从此之后世人就只知李贽是个逃犯，世上恨我之人极多，他们骂了我一辈子，但无论再多人骂我，李贽还是那句话：我之学问于圣教有益无损。”
“他们骂了我几十年，总是不能让我认罪，如今怕已是最后一次了，若是这最后一次我逃了，从此挂上一个逃犯名声，从此之后我之学说也只会被人看成逃犯李贽的学问，不值一谈。如此一来我身虽不死于囹圄，但一生所言所行皆入囹圄也！”
王文龙以及李贽的众弟子，闻言皆默然。
说完这一段话李贽原本衰落的精神似乎也提振了不少，他突然看向王文龙：“建阳所写《尚书古文疏证》完稿了么？”
王文龙道：“如今只写了一半，若是先生想看，我尽速去补完。”
李贽摇头说，“我若这几日被抓进狱中，建阳千万不要给我送书，否则自己也会被攀扯上。还请建阳将后续内容告知我的弟子，若是有探视机会，就让他们与我说吧。建阳——你之安全，比我个老朽要有价值得多。”
说完之后李贽看向自己众弟子：“我有些话要交代自家弟子，请建阳捎待。”
王文龙点头，起身往屋外走，刚跨两步，突然听到身后李贽再次呼唤。
王文龙转过头来就见李贽目光灼灼的看着他：“……你考据的办法，是一条比我之方法更好的路子。”
王文龙感觉自己眼眶发热，强忍着鼻酸点点头，“小子定不忘先生嘱托。”
“多谢。”
两天之后，万历皇帝批语：“李贽敢倡乱道，惑世诬民，便令厂卫五城严拿治罪，其书籍已刊未刊者，令所在官司尽搜烧毁，不许存留。如有党徒曲庇私藏，该科及各有司访参奏来，并治罪。”
厂卫齐至莲花寺，李贽已经气息奄奄，做好全套准备，由几个徒弟取来大床板，李贽卧于其上，进入诏狱。
李贽的身体也不需要受刑了，光是三法司的询问过程对他来说就已经是极大折磨。
女婿庄纯夫日夜兼程赶到京师，和马经纶、汪本钶几人一起上下用钱，进入狱中照顾李贽身体。
但是李贽已经快要油尽灯枯，昏昏沉沉不辩晨昏。
三月十五日，在李贽众弟子的上下运作下李贽的处理结果也传出消息：念在李贽年老体弱，不治罪，令发落回原籍，不准停留。
这已经是最轻的发落，但不治罪也代表着认罪。
李贽的众弟子四处请托，还找到王文龙想要劝说李贽认罪。
王文龙知道原本历史之中李贽今日就会死，但李贽没死，说不定事情真有转机，李贽也许回心转意？
于是他马上动手写给李贽的信，信才写完一半，这时庄纯夫找到馆驿。
见他脸上犹带泪痕，手逼扎了一条白布，王文龙看到之时就愣了。
庄纯夫道：“我父亲已去了，他听我等讲述《尚书古文疏证》内容，以为此书甚好，生前再三嘱咐建阳一定要将此书出版，还嘱咐建阳要小心，遇事多用宛转办法，善保名声，他当年是无从选择，不得不战，建阳如今名声正好，不要走上他的路子致使言论难行，广传言教才是正办……我父说建阳《尚书古文疏证》完稿之后，还请焚一部于他坟前。”
万历三十年三月十六日，有明思想史上一代宗师、启蒙教主李贽于狱中用剃刀自尽，享年七十六岁。
李贽虽死，但因其之死，东林党和浙党怕落下逼死文人的名声也不敢对他更加迫害，他的声名更加远播，也以自己之死保护其作品风行于世。
禁者自禁，藏者自藏，李贽一生注述，凡十四类八十七种，几乎全部流传于世，学者争相传诵，风行天下。
十年之后，尘埃落定，弟子为李贽立碑修墓，墓碑之旁刻着王文龙所题，评价李贽一生功过的诗句：
惑乱乾坤胆气粗，翻倒千古是非巢！