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就在江南物理社开会的同时，第二次妖书案在京城之中已经闹得风雨飘摇，东林党人诬告浙党想把写妖书的罪名归罪于沈一贯的党羽，浙党侥幸挺过一关，于是展开报复，想要把妖书案的罪名归到东林党郭正域头上。
现在浙党进攻，想让嫌疑人皦生光说出不利于东林党的口供，每天一打，甚至把皦生光的老婆、妾室、孩子全部抓去审讯。
皦生光的儿子才十岁，浙党官员依旧对他审讯，以针刺其手指，非要他供出郭正域。
浙党已经不是想要询问出结果，而是拿着预设结果找证据。
皦生光一开始害怕，但慢慢却已经被打出了骨气，他知道自己活不了了，甚至全家人都要完蛋，咬牙想要报复，哪怕已经被打的不成人样，但就是不肯按浙党的要求污蔑东林党人。
而越是如此浙党越是觉得再打几顿就能得到突破。
而郭正域曾任东宫讲官，太监表示朱常洛在东宫常常哭泣询问：“为什么要杀我的好讲官？”
朱常洛已经二十一岁了，当然不是什么幼稚的哭包，他这行为就是为东林党站队，东林党一脉在争国本中全都极力保护朱常洛的皇太子地位，皇太子不能不做政治表示。
而妖书案带来的党争已经实际影响到朝廷运作，内阁的三位阁老都已经被列入怀疑名单，几个月间锦衣卫、东厂、三法司都在接连审讯抓人，朝廷上下早就没有人用心干活，都在关心党争之事。
万历也不得不出手了。
万历先是为了向天下人表示自己没有废立之心，专门跑到启祥宫召见皇太子朱常洛，抓着朱常洛的手“慈爱教训”：“尔之纯善孝友，我亦知之……尔宜安心读书，勿存惊惧。”
接着又罢免了在妖书案之中罗织两党罪名的一批锦衣卫官员和朝臣，甚至吏部尚书李戴因为在这次妖书案之中站队太明显，也直接被万历勒令退休离任。
这可是尚书级别的官员，万历皇帝压制党争的意思已经非常强，可是这场大党争中浙党和东林都觉得自己受尽委屈，满心怨气，哪有这么容易就结束？
当天晚上方从哲来到寺院禅房找到王文龙，他先劝和道：“今日沈云将说话直硬了一些，那也是因为他心中有怨气，并非针对建阳，还请建阳不要怪他。”
王文龙点头道：“我本来也不想对时局过多发表议论，只不过是担心着物理社中的事情，有些意见相左也是自然，只怕云将怪我，我心中是不有芥蒂的。”
方从哲笑着说：“我过去看建阳文字就知道建阳是大度之人，果然不错。”
他说着便将一张书法拿出，摊开在书案上，王文龙就见那纸上写着四个遒劲有力的大字：天地一理。
这四个字非常符合物理学追求天地真理的思想。
方从哲道：“这是我专门为咱们物理社所写，还请建阳收下。”
王文龙看着这漂亮的书法笑着说道：“方相公用心了，物理社今年要开讲堂，我正好找人去将这字刻成牌匾，挂到物理社的讲堂上去。”
方从哲的大字天下有名，写大字和作小字书法不同，非但要精力，还需要相当的体力，这几个字得费不少时间。
方从哲起初无党无派，之所以能够得到浙党和东林党叶向高支持，就是因为他这调和鼎鼐处处用心的性格。
方从哲当年担任国子监司业、祭酒本就门生众多，性格又如此之好，自然结交下相当多人物，历史之中不光是东林党和浙党，就连齐党领袖亓诗教也一同推举方从哲入阁。
不过面对万历朝后期党争的泥潭，方从哲虽然力求公允，但是也不得不加入党派力量来保护自身，同时还要干不少勉力维持的和稀泥事情。