噶玛巴活佛系统的称谓，是以自己所属宗派的名称命名的，即取自噶玛噶举派的“噶玛“（k-rm）一词，追本溯源，该宗派的名称得自祖寺的寺名，而祖寺的名称來自某一地名，公元1157年，都松钦巴在昌都类乌齐附近的噶玛地方创建一座寺院，随即取名为噶玛拉顶寺（或称噶玛丹萨寺），他以该寺作为道场，大力宣讲噶举派教法以及自己的佛学观点，遂形成噶举派最具活力的一支派别，并以噶玛拉顶寺的寺名作为该派的名称，后來噶玛噶举派产生藏传佛教史上第一位转世活佛，亦以宗派的名称命名；当噶玛噶举派形成二大活佛系统时，仍然称“噶玛巴“，即分别称“噶玛巴·黑帽系“和“噶玛巴·红帽系“，其红帽系活佛转世至第十世时被迫断；而黑帽系活佛一直沿袭下來，至今已转世至第17世，即第17世噶玛巴，现与**喇嘛同在印度达然撒拉，噶玛巴活佛是藏传佛教史上历史最悠久、转世最多的一大活佛系统。
**喇嘛、班禅额尔德尼等格鲁派活佛系统的称谓，是历代央王朝授封的，公元1578年，第三世**索南嘉措在青海湖畔的仰华寺与蒙古土默特部阿拉坦汗会面，互赠尊号，阿拉坦汗赠索南嘉措以“圣识一切瓦齐尔达喇喇嘛“，阿拉坦汗后报明朝，经明庭册封得以确立，其“瓦齐尔达喇“是梵文vjr-dhr的音译，意为执金刚；“**“是蒙文音译，意为“大海“；喇嘛是藏文音译，意为“上师“，这就是**喇嘛活佛系统称谓的最初由來，公元1653年，清朝顺治帝又授封第五世**喇嘛为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇**喇嘛“，从此**喇嘛这一活佛系统的称谓才被确定下來，成为藏传佛教格鲁派二大活佛系统之一的尊号，**喇嘛（-l-bl-m）被藏传佛教认定为观世音菩萨的化身，现已转世至第14世**。
班禅额尔德尼(pn-chen-aer-te-n），是藏传佛教格鲁派二大活佛系统之一，被认为是无量光佛的化身，公元1645年，蒙古和硕特部固始汗向第四世班禅·罗桑确吉坚赞赠以“班禅博克多“尊号，尊号的“班“字是梵文“班知达“的缩写，意为通晓“五明学“的学者；“禅“字是藏文“禅波“的缩写，意为“大“或“大师“；“博克多“是蒙语，意为“睿知英武的人物“，从此班禅成为这一活佛系统的称谓，公元1713年，清朝康熙帝又授封第五世班禅·罗桑益西为“班禅额尔德尼“。”额尔德尼“是满文，意为“宝“，之后，班禅额尔德尼这一称谓被确定下來，当然，有时仍简称“班禅“，现班禅额尔德尼活佛系统已转世至第11世，其驻锡地为西藏日喀则扎什伦布寺。
帕巴拉活佛（vphgs-p-lh）系统的称谓，是以印度佛教史上著名的圣天大师的名字命名的，藏文“(帕巴拉）“是“圣天“的意译，历代帕巴拉活佛的驻锡地为昌都强巴林寺，现已转世第11世帕巴拉活佛。
嘉木样活佛系统的称谓，是以创建甘肃拉卜楞寺高僧的尊号命名的，因为这位博学的高僧成为第一世嘉木样活佛，其全称在藏文写作vjm-dbyngs-bzhd-p“(嘉木样协巴），意为“文殊“，从而不难理解，嘉木样活佛系统是文殊菩萨的化身，现转世至第6世嘉木样活佛，驻锡地为拉卜楞寺。
贡唐活佛（gung-hng）系统的称谓，是以贡唐寺的名称命名的，第一世贡唐活佛的晚年是在西藏贡唐寺度过，并在该寺开始成为转世活佛，所以贡唐活佛与贡唐寺有着密不可分的因缘关系；从第二世贡唐活佛开始迎请到拉卜楞寺驻锡，故历代贡唐活佛的驻锡地为拉卜楞寺，而不是西藏的贡唐寺，现已转世至第世贡唐活佛。
此外，还有其它许多活佛系统，诸如章嘉活佛（章嘉呼图克图）、哲布尊丹巴活佛（哲布尊丹巴呼图克图）、夏茸尕布活佛、热振活佛（热振呼图克图）、多杰札活佛、夏日东活佛、策墨林活佛、第穆活佛（第穆呼图克图）、司徒活佛（八邦寺司徒）、降阳钦则活佛、土观活佛（土观呼图克图）、智合仓活佛、卓仓居巴仓活佛、卓仓曼巴仓活佛、悟嘉活佛、红帽系活佛等等。