说起来，当初正是因为西班牙人不断进军东番岛的北部地区，郑芝龙不得已之下要给自己留条后路，所以才接受了福建巡抚熊文灿和泉州知府兼漳泉巡海道蔡善继的招降。
如今已经归附朝廷两年多了，而两年多来，随着闽浙粤等地数十万移民涌入东番岛上，郑芝龙的实力随即迅速膨胀。
当年崇祯皇帝接受郑芝龙归附之时，朝堂之上一些朝臣的担心，如今也一一地变成了现实。
郑芝龙不仅有能力在东番各地募民筑城，而且在东番岛上募民开垦的十数万顷农田，也给他带来足够的粮食和兵源。
与此同时，东番岛的开发也让郑芝龙更加重视这一块土地，更加重视自家对东番卫这块地盘的掌控。
也因此，力量膨胀了的郑芝龙及其麾下兄弟，早就对得寸进尺、一直大肆扩张的西班牙人感到不满了。
如果不是东番卫之前在淡水河的南部地区设立了淡水千户所，派了人马驻守，那么淡水南部平原地区，如今也将处于西班牙人的统治之下了。
到了崇祯三年，郑氏东番卫淡水千户所管辖的地区，已经与圣多明戈城的西班牙人活动区域连接到了一起。
一些越界过淡水河垦荒打猎的闽浙移民，还被圣多明戈城里的西班牙人以及其所带的吕宋土人土兵逮捕杀害。
这一切，都让郑芝龙既忧虑又愤怒。
因此，当荷兰东印度公司驻巴达维亚总督府的使节毕德诺，带着朝廷的旨意，以及闽浙总督府的文书，前来与郑芝龙接洽停战、通商事宜，然后共同驱逐西班牙人的时候，郑芝龙没有犹豫多久就同意了。
等到七月初的时候，毕德诺按照年初时候的约定，带着荷兰东印度公司的五条战船与一千二百名红毛番雇佣兵，再次回到了热拦遮城。
这之后，双方立刻就围绕驱逐西班牙人再次达成了协议：
赶走西班牙人之后，圣迪亚戈城、圣多明戈城这两个位于东番本岛上的西班牙据点，归郑芝龙的东番卫占有；
而圣萨尔瓦多城、圣洛伦佐城及其港口，则归荷兰东印度公司支配，由之依照葡萄牙人租借濠镜澳之例，向东番卫指挥使司出资租用。
七月底的时候，郑芝龙将他与荷兰人达成的约定，派人报知了闽浙总督府，而闽浙总督温体仁很快就同意了。
温体仁自从到任闽浙总督府之后，虽然远离了京师朝堂，对于京师朝堂之上的各种动向，掌握得没有那么及时了，但是对崇祯皇帝希望制约和羁绊郑氏的那种隐秘意图，他还是揣摩了个八九不离十：
那就是，一方面要借着郑芝龙的海上势力来防备泰西夷人和其他海盗对闽浙沿海的进犯，另一方面又不能让郑芝龙过于壮大以至于威胁到闽浙沿海。
这个度，不是太好把握，但是截止目前，崇祯皇帝对温体仁的表现还是比较满意的。
崇祯元年，温体仁、熊文灿刚刚招抚了郑芝龙的时候，就在写给朝廷的条陈之中，建议将福建月港市舶司提举的职位一并授予郑氏，以示朝廷诚心招抚。
后来朝廷旨意下来，除了封郑芝龙为海防参将之外，果真还让郑芝龙本人兼领了月港市舶司的提举。
这也是当时郑芝龙放心归降朝廷的一个重要因素。
到了崇祯二年初，崇祯皇帝下旨开海通商之后，福建巡抚治下除了月港之外，另准重开泉州港准予中外海商往来贸易。
这个时候，闽浙总督温体仁一边主动征求郑芝龙的意见，请郑芝龙来推荐泉州市舶司提举的人选，另一边暗自让福建正牌子总兵卢毓英站出来反对郑家人出任泉州市舶司提举。
最后，温体仁又让熊文灿公开提出了两个人选，一个是郑芝龙的父亲郑士表，一个是郑芝龙在濠镜澳经商的舅舅黄程。
几个连环套下来，郑芝龙推荐了对自己有恩而且是个官迷的舅舅黄程出任了泉州市舶司的这个职务。
到了崇祯二年年底的时候，闽浙总督府督促郑芝龙率军去打东番岛上屠杀汉人和土著的荷兰人。