基于这种考虑，朱由检依然让新军挂靠在御马监名下，名称也没有给定，只是称呼为新军，不过，对于新军内部的体制，他倒是进行了一番大的变动。
到了后期，大明的除了维持原有的卫所制度外，还多了募兵。募兵实在卫所不堪用，而战场又频繁出现的情况下产生的，因此他们的制度和卫所大不相同，大致是营哨制度。
一般是五人为一伍，二伍为什，三什为队，三队为哨，五哨为总，五总为营。每营兵员3000人。这个编制，在朱由检看来有些弱，一个营的人数太少了，在明末这种大规模作战的情况下，没到战时，都要好多个营聚合在一起才能开战。
然而，各种营头夹杂在一起，相互配合难免出问题，也许应对农民起义等低烈度战争时问题不大，但对上了建州女真，这种问题就会无限放大。
因为长矛手和火枪手相互配合有一个最低数量的问题，参考了营哨制后，朱由检以十人为一什，以什为最低的组成单位。
而后采取三三制，以什队哨营团旅师军的顺序编组下来，配上一些其他的医护兵炮兵等，一个军的编制一万二，再加上一个三千人的骑兵师，完整的军级编制，正好一万五。
而军级编制，则是朱由检以后的作战主要单位。
火枪的大规模装备，注定今后的战争是朝着职业化和精锐化方面发展，人数不再是战力最主要的衡量标准，真正拉开差距的，还是在装备和组织上。
而采用三三制，除了受后世的影响外，更多的还是组织度上的考虑，一个军中，八个指挥等级，这将需要大量的军官，军官越细化，军队的组织力度就越强，军队越不容易崩溃。
在各级指挥层面上，除了最高的指挥长官外，还有司掌参赞谋划的参谋官，司掌训练营房的训导官，司掌文书纪律的书记官，司掌粮秣医护的后勤官，司掌兵器铠甲的装备官。
除此之外，在各级指挥人员上，还会配备一到两名的副职，作为后备补充，即是锻炼，也是预防紧急情况。
这种细分，即是对军队的分权，也是职业化和精细化的要求，职责明确，分工清晰，才能将一只军队建设好。
不过，这种细分只到团一级为止，下面的营开始就没这么详细，职责分别被副手掌握，最多会配备一名参谋官或者书记官。
只是，这样的一只职业化军队的建立，除了需要大量的投入外，还要很长的时间，军中人员需要上课，学习，以及慢慢的适应。
还在乾圣元年没有什么大的战事，足足有一年的时间来让他磨合训练，一年之后，这支军队也差不多能用了。
而等到经历实战检验之后，朱由检才能看出，这么一份结合了多个时代知识的军队构制能否适应战争。