在处理欧洲问题的时候，斐迪南也把目光投向了新大陆，也就是“卡斯蒂利亚王室西方领地”。
斐迪南绝对不会把新大陆当成殖民地看待，而是把他们看成领土，西班牙没有任何殖民地，只有领土！
斐迪南从一开始就不会让西班牙有殖民地的概念，从哥伦布远航开始，他就将其称为“西方新领土”，根本不让西班牙政府和西班牙人把任何一块地方看做殖民地。
宣示一块地方为领土，最好的方式就是直接按照领土的标准建立行政建制！建立行政建制是宣示主权的最好方式，如同中国设立三沙市一样，比所有的诏书、声明、条约、裁决都要强有力得多！
斐迪南手中的新大陆，不会有所谓的总督区什么的，全部都会设省。
斐迪南在1495年1月1日，正式宣布，在“卡斯蒂利亚王室西方领地”上，首先划设六个省——加拿大省、纽约省、西印度省、中美洲联合省、委内瑞拉省和巴西省。
这已经违反了《圣塔菲协议》，按照协议，哥伦布应该是所有新发现领地的副王和总督，但是这样的协议最后迟早会被反悔，斐迪南一点心里负担都没有。
而且斐迪南也有一个有力的理由——除了加勒比群岛，其他所有五个省都是国王陛下本人亲自发现的！可不是哥伦布发现的！这个理由确实有说服力，而且仅限于斐迪南本人可以这样用，除了他，哪个国王会亲自上阵到海外去开疆拓土？噢，葡萄牙国王后来就这么干了，率军在北非进攻摩洛哥，爆发了著名的“三王之战”，结果不是很美妙，自己战死了，然后西班牙和葡萄牙有了60年的联合。
这个时候哥伦布在伊斯帕尼奥拉岛的所作所为，尤其是殖民者的高死亡率——其实不能怪他，是那些殖民者自己的无组织无纪律和贪婪，但是哥伦布就是得当靶子，谁让远航都是他领导的，而且他之前夸下海口，自然落差很大——让大量贵族和平民都对他不满，尤其是死者的家人，另外梅毒开始在西班牙本土散播。不少人要求废除哥伦布对殖民地管理的垄断权。按照历史，今年之内西班牙政府的代表就会巡视伊斯帕尼奥拉岛，代表西班牙双王宣布废除哥伦布对殖民地管理的垄断权。
不过，按照历史，哥伦布仍然被保留了伊斯帕尼奥拉岛的管理权，直到因为不断的控诉和高死亡率最终被逮捕回国，伊莎贝拉女王还记得他的贡献，赦免他的一切罪责，但哥伦布在《圣塔菲协议》中的特权也不复存在。但是哥伦布还是得到王室拨给的金钱，临终时是一个相当富裕的人，他完全是故意在后期装出潦倒的样子（当然他的身体确实垮了，但是经济状况相当不错），以取得历史的同情，他的后代还一直在就《圣塔菲协议》的问题和西班牙政府打官司。
斐迪南可不会让哥伦布有这种洗白甩锅的机会，他以国王的身份公开下诏，严厉地谴责了哥伦布在伊斯帕尼奥拉岛公然强奸年仅9岁的印第安女孩。这在目前哥伦布被谴责的大环境下，以及斐迪南有意地推动下，哥伦布强奸未成年少女的罪行、管理不善的责任、感染性病的丑闻传遍整个卡斯蒂利亚和阿拉贡，还传到了葡萄牙，让人们对他品行的印象下降了，以后哥伦布就再也别想洗白自己并且给西班牙政府三天两头整些不大不小的麻烦了。
当然，哥伦布发现，尽管是第二次发现美洲，当然现在被他称为“印度”，毕竟立下了不可磨灭的功绩，这一点斐迪南还是不会否认的，因此斐迪南仍然任命哥伦布为西方六个新省份中的加勒比省长，也就是哥伦布目前正在管理和探索的群岛，并且派代表把这一消息通知哥伦布。
哥伦布不是一个好的行政管理者，不过伊斯帕尼奥拉岛之所以混乱成这个样子，还有殖民者不听管束，以及哥伦布威望不足这两个问题。哥伦布是意大利平民，现在一跃成为高级贵族，外国人、乡巴佬、暴发户三个靶子妥妥的集合在他的身上，随时随地都在吸引火力。
现在斐迪南任命哥伦布为西印度省的省长，同时不仅仅派去了代表，还派去了十几名行政管理人员，他是认真地把哥伦布当做省长来对待，对其他几个省都是一样，准备从一开始把它们当成真正的省份来治理，不让殖民地的概念在西班牙的新领土上出现（殖民地这个概念早就有了，在古希腊就有）。
如果哥伦布确实能管理好伊斯帕尼奥拉岛，那斐迪南还会让他当这个省长，把人才派到其他省去，不过要是还和历史上一样混乱，斐迪南就只会让他做一个探险家了。