解决了情报组织和屯垦兵团的问题，斐迪南又把注意力转到了第二次远航上。
地理大发现时期的航海条件是十分恶劣的，搁浅家常便饭，海难纯属正常，就连迪亚士，也是遭遇海难死在了卡布拉尔发现巴西后返航的路上。经度也不能测定。
以上这些斐迪南是无法改变的，当然他给自己率先用了盖伦船，至少生命安全系数提高了一点，不过他在另外两个问题上却有解决的办法——淡水保鲜和坏血病。只要柠檬就可以解决一切了，虽然朗姆酒也可以，但目前他还没有时间专门为了朗姆酒种甘蔗，而且甘蔗不适应欧洲的气候，现在产量不高。
完整的柠檬在常温下可以保存一个月左右。在淡水中滴加几滴青柠汁就可以对淡水进行有效保鲜。
但是一个月时间，刚好够从欧洲到新大陆，进一步航行时就无可奈何了。此外斐迪南也看过一些网文，似乎青柠汁并不能包治百病，实际上并没有那么深，在温暖水域待久了，淡水还是会变质，又要靠朗姆酒来解决。
但是斐迪南不会轻易放弃，他的对策是从柠檬中直接提取天然柠檬酸。
天然柠檬酸的提取过程主要如下：
1.原料：将柠檬榨汁。
2.中和：柠檬汁加热至75摄氏度时，逐渐加入碳酸钙乳浆（最好为15%浓度），继续加热2小时，初温控制在5摄氏度左右，最后可升高到100摄氏度，至溶液呈青绿色时，即表示已完成中和反应。然后静置沉淀，此沉淀即为果酸钙（以柠檬酸钙为主）。
3.除盐：所得柠檬酸钙含有盐分，可用清水洗涤，加热至70—80摄氏度，反复多次，直至盐分除净为止，干燥备用。
4.酸解：柠檬酸钙浆液加热至60—70摄氏度，加入浓度为35%的硫酸，沸腾3小时左右，待柠檬酸钙分解完成，即静置沉淀，上层清液为暗红色柠檬酸溶液。
5.浓缩、晶析：将暗红色柠檬酸液进行浓缩，至固形物含量75%时，于结晶缸内静置结晶。4—5天可完成晶析。
此时斐迪南之前做的那些科研工作就体现出价值来了，比如说他现在可以测定摄氏度温度。至于硫酸的浓度？浓硫酸或者纯硫酸稀释到2/5就搞定了。
说到硫酸的制取，又得费一番功夫了，暂时斐迪南没有管硫酸的大规模工业化生产问题，而是采用17世纪发现的早期量产方法——将硫与硝酸钾混合蒸汽加热制出硫酸，在这过程中，硝酸钾分解并氧化硫令其成为能与水混合并变为硫酸的三氧化硫。