吴淞之地，抗清义军，也随之失败。
徽州府，金声领兵与清军在丛山关血战，苦等援兵，但援兵却始终不来，时日一久，清军逐渐取得优势，加之汉贼黄澍伪装束发，服明衣冠，诈称率兵来援。金声不及细查，放他入关。
清军乘机里应外合，侵占丛山关，进而夺取了绩溪县，江天一领近千残兵，遁入山中，金声被俘，痛声呼曰：“徽民之守，吾使之；第执吾去，勿残民。”
不久后，徽州府城向清将张天福投降，而后黟县，祁门，婺源等地也先后投降。
石埭县的义军首领，吴应箕独木难支，遁入乘顶山中，但还是在清兵的追击下，受重伤而亡。
八月底，金声被压往南京，百姓沿途相送，在途径芜湖时，有徽州同乡迎送于路旁，大声呼道：“先生回来时，我等一定再来路旁恭候。”
闻语，带着镣铐金声却笑着回答：“再回来，我就一文不值了。”
这时，当年与金声同年中进士的洪承畴，听说他被押到南京，便有意劝他归降清庭，随将金声提到府邸，劝之曰：“多少臣子，今俱亡殁；公宜应天顺天，毋徒自苦也！”
“汝为朝廷大臣，不能死而反诱人耶？”金声却双目圆睁，大声怒斥道：“尔与吾乃同榜进士，同受皇恩，且先帝待尔之厚，赐尔九卿，加尔总督，今吾为抗清而死，尔却坐了胡夷之鹰犬，尔有何面目来见吾耶？又有何面目见先帝于九泉？”
洪承畴闻言，顿时气得不能发声，连忙让甲士将其押走。
时江南局势鼎沸，原本北返的清庭豫亲王多铎再次南下江南，平定义兵抗清，他闻金声被关押在南京，想起扬州城外，金声与王彦大破李率泰之事，觉得金声很有能力，便欲留之。
多铎对金声的看重，使洪承畴杀金声，颇有顾虑，就暗示金声出家为僧，但金声却反问道：“何以称忠臣？”洪承畴谓其“火性未除”，遂杀金声。
临刑前，金声遥拜明孝陵，而后端坐饮刃，金声弟金经、总兵范云龙，义士陈际遇、吴国祯、余元英。同起兵者，歙县诸生项远、洪士魁、副将罗腾蛟、闵士英、都司汪以玉；先后被执，不屈而死。
至此南直隶一地的抗清义军，除了江阴陈、阎二公，太湖陈子龙，吴易之外，全部被清庭扑灭。
九月初，江南义师接连失利的消息，传回福京，隆武帝大怒，斥责救援不力的郑彩，削其侯爵，锁拿下狱，但最后还是因为郑氏的势力，而官复原职。
（历史上，江天一与金声同死。）
.m.