东南之地风起云涌，鲁王起兵复杭州，被清军打得大败之际，福建隆武朝廷内，也因为郑芝龙拥兵自重，挟持朝廷，无意进取，而与有心光复河山的隆武帝，矛盾日渐激化。
皇帝为自入闽以来，未发一兵一卒出闽地与清军作战，眼看着徽州与江西的版图，一点点的落入清廷之手，而悲愤不已。
此时隆武帝与心腹大臣已经达成共识，要想有所作为，就必须脱离郑氏的掌控，否则朝廷将逐步沦为傀儡。
作为一个心怀大志的皇帝，隆武帝已经决议移驾江西赣州，然后视情况而定，如果江西用兵得手，局势稳定，他便可以西连湖南何腾蛟，东接福建郑芝龙，南靠广东王彦，收就近指挥之效。
就算江西作战不利，皇帝还可以西移湖南，南下广东。
湖南、赣南、福建，如一字长蛇，时清军猛攻江西，何也？便是要斩蛇腹，使大明首尾之间，失去联系，所以在乙酉年八月以来，赣南始终都是明清双方激烈争夺之地。
此种情况之下，隆武帝却想要移驾赣州，而不是迁往比较安全的广州，说明皇帝心中的恢复之志，绝非须言，这与另一段历史上的永历帝，简直不可同日而语。
为了摆脱郑芝龙的控制，皇帝除了下旨，让王彦早日北上之外，也密密与朝臣准备移驾。
兵部右侍郎兼右副都御史万元吉知陛下心意，随上疏密奏，“赣州居上游，豫章不能仰面而攻，且左为楚，右为闽、浙，背为东粤，足以控制三面，宜驻跸也。”
皇帝见奏大喜，随加万元吉为江西督师，领兵部尚书的虚衔，总督江西诸军，命其离开福京，入驻赣州，为皇帝移驾做好准备。
隆武帝与忠于他的大臣，在抗清上的布局，亦被清廷所察觉，时任清廷江西提督的金声恒，便十分畏惧，连忙上书多尔衮道：“奴才细观南明陈兵之势，俨然一常山之蛇，以浙东为首，江西为腹，湖南、广西、云贵为尾，敌畏惧江南满洲，故于东南取守势，而乘奴才江西兵力之单弱，意欲夺路而出，以震动江宁，再者何腾蛟与广东王彦相连，拥重兵于上游，若此二人携大军，以上攻下，夺武昌，下九江，则江西不保，东南半壁亦一鼓而复矣。奴才恳请皇父摄政王，发真满洲兵两万，与奴才合兵一处，由赣南直捣闽广，斩其腰腹，使敌首尾不能相顾，则钱塘可一苇而渡，而后合力平定云贵，一统之业岂不易易哉！”
明清双方都认识到江西在战略上的地位，但隆武帝却无法调动郑芝龙的军队进入江西，万元吉入赣之后，也因为清廷总督江南的大臣洪承畴抽调柯永胜、高进库等部进入江西同金声恒部协同作战，大军直压吉安，而疲于应对，根本没有能力迎隆武帝出闽。
福京城内，皇帝为赣南逐渐恶化的局势而忧心忡忡，几次训令下，郑芝龙不得不派永胜侯郑彩出衫关，援救江西明军，但郑彩到底衫关之后，却再次按兵不动，无论监军给事中张家玉怎样催促，他一概置之不理。
张家玉心中愤慨无比，只得上疏弹劾，隆武帝也只能无奈的再一次消去郑彩的爵位。
大学士黄道周对此不胜愤慨，随于首席大学士左懋第商议之后，决定由左懋第继续留在福京辅佐皇帝，而他则自告奋勇的请命督兵出福建，支援江西，并联络困于徽州大山之中的江天一部义军，设法为朝廷打开局面。
郑芝龙得知消息后，为朝中将少一个与他作对的老臣，而心中大喜，他唯恐黄道周改变主意，立马备好一月钱钱粮，但却不拨一名士卒支援。
黄道周随勉强奏够三千多名士卒，与兵部职方司主事赵士超，一起踏上征途。