抛尸之计，虽然奏效，但他还是低估了瘟疫的威力，清军大营虽说有所防范，但还是被波及，幸亏他早就准备好药材和郎中，才控制疫情，但还是病死五千多人。
这时多铎已经不敢再行抛尸之计，扬州城内的王彦，也在付出进二十万军民的代价后，使得瘟疫在城中彻底灭绝。
时间到六月底，多铎见南岸明军越聚越多，足有四十万众，心中恐惧，担心明军渡江与扬州守军里应外合，致使他南下失败，随发兵猛烈攻打扬州。
王彦与军民经历一场大疫后，已经元气大伤，但众军凭着意志，始终将扬州控制在手中。
南岸镇江城中，阮大铖已经掌握了四十余万兵马，大军在长江边扎下营寨，绵延不绝，长江上各种战船近三千余艘，士气鼎盛。
随着北岸扬州内外炮火再起，轰隆之声，从早到晚不曾停歇，原本想将士卒编练月余，在再行渡江开战的阮大铖，不得不提前令命郑鸿逵率领战船渡江援扬。
阮大铖作此决定，并非完全因为江北传来的猛烈炮响，使他担心扬州有失，而是因为弘光下诏，令他早日开战，已解扬州之围。
阮大铖虽然离开南京，来镇江督师，但朝堂上的两党相争，却没有因为他的离去而有所减轻，相反却越趋激烈。
马阮一党因为大批干将同阮大铖前往镇江整顿各府援兵，在朝堂上势力大减，让东林一党占据上风。
镇江四十多万人马，每日消耗惊人，东林一党见阮大铖督师近一月，却未同清军一战，也没有尝试渡江支援扬州，随向皇帝进言，骂阮大铖佣兵自重，胆小如鼠，要坐看扬州沦陷。
弘光并非雄主，也不知晓兵事，只觉的镇江有四十万人马，远远多与江北清军，加上东林之人屡次进言，慢慢就相信了东林之言，随下诏催促阮大铖开战。
乙丑年七月一日，镇江附近的江面上，三千余艘战船，在南岸边游弋，码头上一箱箱火药被士卒抬上大船，一队队明军背着弓箭，拿着鸟铳登上战船。
对于渡江之战，阮大铖可谓拼尽全力，他不敢轻视敌军，随将镇江城中最为精锐的郑鸿逵、方国安、王威等部统统派出。
阮大铖并没想要同清军决战，以新募之军的战力，还很难同清军挣雄，他的目的是送几万援军入扬州，再打通南岸与扬州的水道，使得明军战船能从长江直接进入大运河，最后开到扬州东门外。
为了击败清军水师，阮大铖一下将最为精锐的郑、方、王三部官军全部派出，再加上陈子龙、左懋第等较为能战的新募之军，合计十万之众。
南岸明军的动向，北岸清军早已得知，多铎也令清军停下攻打扬州，而令水师专门准备对抗即将渡江的明军战船。
扬州南门破损不堪的城楼上，王彦拿着一副千里镜，运目远眺，他南望王师，那一搜搜战船正升帆，向北岸驶来。
无数扬州军民登上南城，远望江面，迷糊之中有千船挣渡而来，顿使人热泪盈眶。