孔子离开卫国向西行进，晋国中牟县宰佛肸叛乱，欲邀孔子共事。孔子本有意向，但遭到弟子子路的强烈反对，认为不应为叛臣效力，孔子犹豫再三，最终放弃前往。
孔子一行来到蔡国，在此居住三年，其间吴国进攻陈国，楚国出兵救援，得知孔子在陈蔡之间，楚昭王派人邀请他。陈、蔡两国大夫担忧孔子加入楚国会威胁本国，于是派兵将孔子围困在荒僻之处，使其几近断粮。即便如此，孔子依然秉持信念，抚琴诵经教导弟子。子贡寻得楚国援助，楚昭王派兵解救了孔子师徒。
孔子在楚国时，楚昭王有意赐予其七百里封地，但孔子曾表达过“如有用我者，吾其为东周道乎”的意愿，楚国令尹子西担忧孔子会借此建立类似周文王那样的根基，从而阻止了这一想法。楚昭王也因此对孔子有所提防，最终未予以重用。
六十三岁时，孔子从楚国返回卫国，此时卫灵公已去世，其子卫出公继位。不少孔子弟子在卫国担任官职，卫出公也希望任用孔子。然而孔子坚持“正名”原则，这意味卫出公需将王位让与其父，卫出公自然不愿，故未任用孔子。
在鲁国，孔子的弟子们在为官时多有建树，季康子深感孔子弟子的才能，特派人将冉有从卫国召回。冉有率军击败齐国，凯旋而归，季康子询问其用兵之道，冉有答曰源自孔子教导。此事促使季康子下定决心，派人将孔子召回鲁国。
孔子曾在卫国时拒绝回答孔文子关于作战方法的请教，不久后，季康子派人携带丰厚礼物迎接孔子回鲁。孔子终于回到了阔别已久的鲁国。
孔子和他的弟子们在周游列国的十几年间，历经艰难险阻，数次遇阻受困，甚至几度生死边缘，但他始终坚守理想，保持着积极乐观的心态，坚持“明知不可为而为之”。
孔子晚年回到鲁国时，虽然仍未能得到重用，但他将精力投入到古代文化典籍的整理和教育事业上，《诗经》、《尚书》、《春秋》等经典文献就是在这一时期由孔子系统整理而成。
公元前479年，即鲁哀公十六年，孔子溘然长逝。他的学说由弟子传承并发扬光大，最终形成了儒家学派，孔子也因此成为了儒家学派的创始人，并被后世尊崇为伟大的思想家、教育家。