“哈？哈哈哈，哈哈哈哈哈……”听到这，曼努埃尔好像被戳中了什么笑点，大笑起来。好一会儿后，他才收起了自己的笑容，带有挑衅地用手上权杖敲击地面，诘问道：
“教皇？他有几个军团！？”
听到这话，贝萨里翁脸色顿时变得极为难看，但巴西琉斯没有再给他发言机会，而是摆手道：“回去吧，把刚刚那话告诉罗马牧首。贝萨里翁阁下，我们毕竟相识一场，看在圣父的面上，最后还是别闹得太难看。”
言讫，贝萨里翁叹了口气，只得带着来自教廷的侍从们离开了大皇宫，并在回到居所后的第一时间开始着手准备前往罗马城。他有预感，君士坦丁堡自己不会待得长久了。
1460年年末，为惩戒东帝国介入意大利事务，教皇庇护二世宣布开除东方正教会信徒的教籍，并对罗马皇帝曼努埃尔三世施以绝罚。作为回应，帝国方面驱逐了公教会在君士坦丁堡的拉丁宗主教和教廷使者们，并同样让普世牧首根纳迪乌斯二世·斯科拉里奥斯对教皇庇护二世与站在自己对立面的敌国君主们统统施以绝罚。借此时机，曼努埃尔索性宣布1442年以来签订的教会合一无效，双方彻底撕破脸皮。
这之后，意大利战争的烈度上升又一个高度，双方在南意大利前前后后拉锯了两年多，一直僵持不下。
1462年到来后，伊比利亚的一场政治震动间接影响到了意大利。意大利愈演愈烈的战争让地中海沿岸的阿拉贡王国也不得安宁，认为时机已至的加泰罗尼亚人得到意大利邦国的援助后，在年初时企图将加泰罗尼亚公国的统治权交给外国君主。因此为了得到法国的援助，不得民心的阿拉贡国王胡安二世不惜割让鲁西永、塞尔达尼两地给法兰西。而法王也欣然应允，派兵南下接收了两地，并顺手平定了加泰罗尼亚的叛乱。阿拉贡与法兰西两国也结为了友邦，前者也因此默许了普罗旺斯的勒内使用阿拉贡境内的港口。
此时此刻，罗马帝国终于伸出双手，撰住了自己这次介入意大利所求的真正目标。
1462年3月，罗马海军以获取补给为由闯入马耳他群岛，并乘着阿拉贡主力在本土平叛抢占了该地。吃了哑巴亏的胡安二世在加泰罗尼亚安定了后向新上任的法王路易十一控诉此事，可没想到帝国一方寸步不让，其外务总管乔治亚·马纳更是表示这里就是片人烟稀少的破岛，让给罗马人又有何不可。
在自己的外交人员在应付阿拉贡一方时，深知马耳他归属此刻不由阿拉贡而是法兰西决定的曼努埃尔三世开始暗中跟法王展开交涉。而日后将被称为“万能蜘蛛”的路易十一也明白，比起恢复国力后在意大利问题上摇摆不定的阿拉贡，跟自己地缘上缺乏冲突的罗马帝国才是更佳盟友。
于是在罗马人许诺加大对法兰西在意大利的支持后，阿拉贡被卖掉了。
1462年9月，在多次谈判后，路易十一劝说胡安二世以3万斯特伦玛金币为价将马耳他卖给东罗马，同时罗马帝国也有义务帮助胡安维护在西西里岛的统治，以及加大对意大利事务的投入。对此，曼努埃尔表示全盘接受，但购岛款要分期支付。
此事阿拉贡也是应允了。尽管许多包括教廷在内的部分意大利邦国对此表示抗议，但曼努埃尔终于还是带领帝国回到了他心心念念的意大利，虽然只有几个岛。
1462年年底，终于在意大利立稳足跟的曼努埃尔在晨曦时分登上了瓦莱塔港港口，沐浴着咸湿而有些冰凉的海风——
“好了，这样一来我们罗马帝国又有意大利了。”站在港口边上，身着奢华的达尔马提卡礼服的他脸上露出欣慰的笑容。
与此同时，那不勒斯那边终于有了分出胜负的迹象了——
1462年仲夏，安茹派的雇佣军将领皮奇尼诺在阿普利亚击败米兰的斯福尔扎；
1462年年底，斯坎徳培与梅希亚斯二人率领法兰西-东罗马联军在卡普阿大败意大利联军；
1463年，双方僵持不下，但热那亚开始爆发反对法兰西王国的暴乱；
1464年年初，那不勒斯王国主力在坎帕尼亚被梅希亚斯率领的5千罗马军击溃，斐迪南一世出逃那波利；
1464年4月，热那亚共和国秘密迎接米兰公爵斯福尔扎的密谋暴露，法兰西军主力被迫北上以平定热那亚的动乱；
1464年12月，试图反击的意大利联军在萨伦托被罗马-普罗旺斯联军击退；
1465年年初，法兰西诸侯组建公益同盟以针对强势进行中央集权的法王路易十一，“好王”勒内与路易十一脆弱的同盟瓦解；
同年2月，残余的法兰西军队撤出南意大利；
同年6月，罗马帝国与意大利诸邦签署和约，以后者承认帝国在马耳他的权益为条件退出战争；
同年7月，为了维护在法兰西本土的领地，勒内与其子约翰二世签约，以保留宣称为前提退出南意大利；
自此，意大利方面稀里糊涂地取得了这场意大利战争的胜利。