1977年。
月光洒在古老的月见山祭坛上，月光下皮皮们跳着圆滚滚的祈福之舞。
忽然，祭坛中央的秘宝‘月神耳环’泛起了不正常的蓝光，皮皮们从没有见过这样的景象，纷纷停下了舞蹈，看向了祭坛中央。
忽然，有一只皮皮发现了新的异样，指向了祭坛一侧的石壁。
原来就在它们看向耳环的时候，石壁上浮现了用爪痕刻写的文字：
{当第七次轮回的月光浸溺于镜像之海，我将取走镜中的双子星光}
远处的山崖上，一个穿着白色披风的残影，与一只索罗亚克一同消失在迷雾中。
……
2077年。
维斯帕尼亚中心市，神奇宝贝博物馆。
维斯帕尼亚高级警督、神奇宝贝联盟天王、王室双料高级特工，吉斯·丹·斯汀加，气哼哼将两张纸片扔在了桌子上。
“你们是说，这两张预告函在笔迹鉴定上都是真的，但其中一张无论是纸张的年代鉴定还是墨水的年代鉴定，都是一个世纪前的东西？”
在吉斯的对面，是从海外追踪基德而来的刑侦专家、基德的同乡铃木原子（79）。铃木原子面色冷然而专业：“是的，我们对墨水进行了气相析出光子检测，这些墨水确实在三十年前就已经凝固了。”
“那这张才是‘新鲜出炉’的预告函咯？”吉斯拿起了其中的一张纸片，随手送到鼻下嗅了嗅。原本只是一个随意的动作，却意外让他有些发现，眉毛都拧在了一起，又仔细的嗅了嗅。
“吉斯先生？”
“这个墨水不简单，它里面含有水箭龟的体液，就是水箭龟使用水炮的时候发射出的那种液体。”吉斯迅速判断道，然后拿起了电话：“立刻联系道馆训练家！怪盗基德这次用了神奇宝贝的力量！”
……
全神经连接虚拟世界，咖啡厅。
吉斯天王的女儿米拉，用吸管而非咖啡勺搅动着杯中的多边兽形拉花咖啡，因为是虚拟世界，即使被搅动拉花也不会破碎，停下搅动后又自己恢复了原来的图案。在她的面前，咖啡桌上方投射出怪盗基德作案现场的3D模型。
穿着侍应生衣服的钢铠鸦忽然上前，行礼后用磁性的声音说道：“您的客人到了。”
说着钢铠鸦拉开了米拉面前的椅子，接着一个人的影像从头到脚的在米拉面前的椅子上被加载出来，随后还有一碗老火靓汤出现在桌子上。
神奇宝贝联盟冠军，马丁。
“还在帮助令尊复原怪盗基德的行动轨迹？”马丁一边问，一边拿起筷子夹起一片粉藕，吃和说话两不耽误：“我觉得这件事没有意义。”
“我和你的看法不同……”米拉的眼中好像有数据在流动：“三天前的钟楼现场检测到洛托姆的电磁残波，在昨晚的这家咖啡厅又发现了索罗亚克的气味分子——更早的几次也是如此，基德每次使用的烟雾弹里，都被发现混杂着不同世代的神奇宝贝的组织碎屑——火恐龙的磷粉、自爆磁怪的铁屑、甚至还有未知的太晶碎壳……我觉得，基德一定是想要表达什么。”
“原来不是为了令尊，而是你自己很感兴趣吗？”马丁开始吃排骨了：“居然对别的男人如此上心，作为你的男友和今天的约会对象，我会吃醋的。”
“调查怪盗基德当然是为了我们自己。”米拉用吸管喝着咖啡：“如果由你来抓住怪盗基德的话，父亲应该能消除对你的偏见，同意我们的婚事了。”
“吉斯天王对我的不是偏见，他只是不服气输给了我而已。”地位与实力皆在天王之上的冠军马丁夹起了山药：“可恶，明明我都已经是冠军了，冠军居然不能想娶谁就娶谁。”
“如果不是你把你的那只水箭龟的水流喷射训练成了芥末喷射，父亲才不会输给你。”米拉反驳：“很遗憾，想娶谁就娶谁是女王的特权，不是冠军的。”
“如果王位也能用神奇宝贝对战来解决就好了。”马丁品汤，粉葛与五指毛桃的独特味道在舌尖蔓延到所有的神经元上：“对了，你刚刚说的那些事情，我想起来一些东西。”
很快，马丁将一些资料上传到了咖啡桌上：“这枚在火箭队基地缴获的射频芯片，记载着火箭队1999年的【幻影计划】。计划显示，他们曾把人类意识上传到3D龙体内，并尝试输入进还没有完成的全神经虚拟世界中。”
“资料上显示计划失败了。”马丁咬断了冬瓜：“但如果他们并没有失败，或者有一部分确实产生了效果——那毛利小五郎就不是第一个神经宇航员了。”
“作为第一个进入神经世界的人，究竟看到了怎样的景象，这件事永远是只有他自己知道的秘密。”米拉思索：“你是说那两个怪盗基德……”
“或许是活在以太乐园里的电子幽灵，也可能是被塞进神奇宝贝躯壳的……”
马丁的话没有说完，在咖啡厅的窗外，一只人造细胞卵飘了过去。
两人忽然陷入了沉默之中。
“今天就到这里为止吧。”马丁端起了汤盅，与米拉的咖啡杯碰杯。
叮~“干杯”×2
两人一个用吸管抽干了杯中咖啡，只留下一个拉花落在杯底。另一个仰头喝干了靓汤，不顾从嘴角滴落的汤水。
随后两人下线离开，钢铠鸦侍者上前，用赛博消毒水对着两人的座位猛喷。
期间钢铠鸦抬起头，与窗外的人造细胞卵对视。
……
为了向凤王祭拜而举办的节日，圆朱祭典。
就在祭典举办的如火如荼之际，忽然一群闪着蓝色光泽的电子咕咕鸽出现在天空上，然后一齐撞向了挂在圆朱塔上空的电子时钟。就如同一百年前，怪盗基德带领着咕咕鸽群敲响了圆朱塔顶的青铜大钟。
电流涌入了时钟中，沉睡在时钟中的洛姆托睁开了眼睛。
高级警督、神奇宝贝天王吉斯，正在大声发号施令：“别被幻象迷惑！快放出三合一磁怪组成法拉第笼！”
“出来吧巨金怪！扫描这里的所有生命体征！”
“佛烈托斯飞行编队，立刻开始巡逻！”
……
红玫瑰的基德按住被割裂的披风缺口，瞳孔微微收缩——手持蓝玫瑰那个冒牌货的扑克牌射程竟与自己完全一致。他下意识摸向耳后，皮肤下的纳米易容器仍在发烫，这代表系统没有第二人登录权限。
“有趣，连痛觉神经的反射延迟都复制了97.3%吗？“蓝玫瑰的基德擦去脸颊被扑克牌划出的血痕，舌尖尝到与自身DNA完全相同的铁锈味。他甩出钩索缠住展柜的刹那，红玫瑰基德的皮鞋正踩碎自己三分钟前布置的声波折射器。
……
两个怪盗基德面对面，辩证谁才是真正的怪盗基德。
“伤痕会撒谎吗？”红玫瑰的基德拉开了衣领，在锁骨上有一道十字伤痕，那是三年前他与工藤新一对决时，被工藤新一留下的记号。
蓝玫瑰的基德：“记忆才是最高明的骗子。和我相比，你的技术整整落后了三个世代！”
而于此同时的一座实验室里，米拉正在看着眼前的电脑，解析马丁交给她的芯片。
将从怪盗基德在现场遗落的怀表中提取到的密匙输入到资料中。