孙策的水军规模过小，不能力敌，匆忙撤回赣水，为守卫南昌城做准备。
在水军的配合下，潘璋和马忠轻易占领彭泽县，水军以彭泽县为基地，往来彭泽湖上巡逻，并用水军把纪灵和他的步兵提前运到彭泽驻扎，打开了进入豫州郡的门户。
孙策根据形势，及时提出了以退为进的策略，拉长黄巾军的后勤补给线，并把他们引到南昌城外的平原地区作战。
众人非常支持孙策的意见，他们没有水军协助，避免在彭泽湖东西连岸作战，易被各个击破，所以战略撤退反而能集中优势兵力，挥他们的长处，在平原地区野战，痛击敌人。
且这样还有很多好处，比如拉长敌人后勤补给线，麻痹敌人等效果。
于是，迅制定出详细的细则，并立即执行。
先，在西部防线，放弃无法守卫的柴桑城，撤退到历陵县防守；历陵县东为庐山，西为幕阜山余脉，中间通道极为狭窄，历陵城是湖西南北交通的必经之地，且易守难攻。
在历陵县城南的海昏县，依托九岭山建立了第二道防线。
第三道防线便是沿着南昌城西的赣水东岸布防。
孙策与众人相信，有了这三道防线，必保秦关的军队不能从西线攻来。
防御的难点是东线，彭泽湖以东、以南是平原地区，一马平川，无险可守，且分兵防御那几座县城根本起不到阻敌的效果，于是孙策放弃东部几县，建立了以余汉城为中心，沿余水西岸的防御阵地。
临撤退前，孙策还强行把柴桑、鄱阳和鄡阳三县的百姓迁移到南昌周边；人口是重要的战略资源，特别是在人口稀少的豫章郡；并对三县实行坚壁清野，有用物资全被运走，不能运走的要销毁、焚毁，破坏道路、房屋、城池等，增加敌人的进军难度。
同时，孙策还命人阻塞赣水和余水的下游河道，令敌人的战船不能逆水而上，而他在两河布置了战船，必能阻止敌军渡河。
孙策相信，即便敌军侥幸渡过赣水或者余水，也会损失惨重，他可以逸待劳，在两河之间的平原地区，利用他的骑兵优势，痛击敌人。
现在的孙策，在一心备战的同时，心情却郁闷无比，江东是他看好的地盘，脱离袁术后他就有击败黄巾军，占领江东诸郡的打算。
孙策家族与秦关的黄巾军乃势不两立的仇敌关系，不说秦关没收了他们家族的资产，将他们驱离故地，就说秦关给朝廷缴纳赋税，交好董卓，就不能令孙策所容。
他还没有所行动，黄巾军却主动来攻。
开始的时候，他还有些看不起黄巾军，认为黄巾军只不过是一群乌合之众，没想到他们实力如此强大，迅消灭了袁术和笮融两大势力。
更让孙策难以理解的是，黄巾军的水军实力为何会如此强大？
孙策的部下们却是心怀担忧，感觉他们陷入孤立无援的状态，四面皆敌，他们既不容于董卓控制的朝廷，被宣布为反贼，又与西部的刘磐有着杀父之仇的关系，绝不会得到刘磐的支援。
且刘磐现在自身难保，待董卓消灭刘磐后，绝不会放过孙策。
东部的黄巾军势力和南部的交州皆已投靠把持朝廷的董卓；他们又与北方的鲁肃势力又远隔长江。
秦关大兵压境，他们该何去何从？