木遁计划结束后，大蛇丸的科研道路越走越偏，人也逐渐走火入魔，终于引起了三代的注意。
当三代带着暗部准备结果他时，终究还是念师徒一场不忍下手放跑了他。
得知此事的自来也马结束旅行回到木叶去寻找大蛇丸，但最终还是没能将其带回木叶。
至此，木叶三忍都已经不在村里，而另一名影级强者旗木朔茂为了拯救同伴而放弃任务，因此遭到了群众的口诛笔伐，最终抵不过言语暴力而自尽身亡。
木叶接连损失了两位实力担当，在二战中吃瘪的几个国家又蠢蠢欲动起来。
木叶43年，宇智波族长富岳新添长子鼬，卡卡西、凯等人也从忍者学校毕业并参加中忍考试，其中卡卡西、野原琳、宇智波带土被编入由波风水门指导的火影重点班。
之后没多久，第三次忍者大战爆发。
战争的最开始出于对二战胜利者的敌视，土之国岩隐村的三代目土影大野木与雷之国云隐村的三代雷影联手一起进攻木叶。
当时旗木卡卡西刚成为忍，代替需要多线作战的水门成为小队队长。
为切断敌人补给，卡卡西小队奉命炸毁位于草之国境内的神无毗桥，而在这次任务中小队成员宇智波带土为救卡卡西被巨石砸中牺牲，其在临死前将琳连同自己的左眼写轮眼一同托付给了卡卡西。
“原来卡卡西的写轮眼是这么来的吗？”
“不过为什么没有见到琳，难道……”
“不，我不相信！”
“不是让卡卡西保护好琳的吗？为什么卡卡西还在，琳却没了？”
“可恶！堂堂的木叶白牙竟然被逼到自尽的地步，果然流言蜚语真的会害死人啊！”
“只能说任务的规矩太死板了，为了任务难道就可以牺牲伙伴？到底是人命重要还是人物重要？”
“对于忍者来说，任务确实比任命重要，毕竟这就是作为忍者的使命。”
“狗屁的使命！人都没了，还怎么完成任务！只有活下来，才能完成任务这点，难道大家都不知道吗？”
“是啊，可惜不是所有人都这么理解的啊。”
神无毗桥被炸毁后，木叶对岩隐的战线取得了优势。
另一方面，三代雷影派自己的儿子奇拉比从另一个方向入侵。
波风水门从火土战线奔赴到火雷战线，凭借继承并改进二代火影的飞雷神与艾比组合交手。
而在与木叶交锋吃瘪后，鸡贼的大野木想起了二战时被云隐偷家之痛，便集结了一万名忍者以其人之道还治其人之身，率兵大举入侵雷之国。
三代目雷影为掩护同伴撤退以一己之力与万名岩隐忍者大战了三天三夜，最后力竭而亡。