战争的持续给雨之国带来了毁灭性的打击，雨隐村首领山椒鱼半藏对此表示强烈谴责，随后对三大国同时宣战。
虽然雨隐村整体战斗力不怎么样，但是奈何村长是有忍界半神之称的半藏，在他的带领下先后与岩隐村和砂隐村的千代婆婆交手并取得优势。
最终木叶在这场惨无人道的四方混战中获胜，但是他们并无法击败最后的半藏。
而猿飞的三位弟子：自来也、大蛇丸、纲手坚持到了最后，半藏见三人乃是当世豪杰便放过了已经筋疲力尽的三人，并赐给他们木叶三忍的称号。
与此同时，三代风影借助雨之国战役吸引木叶注意力，派遣千代的儿子儿媳、蝎的父母入侵火之国。
却不成想木叶还有一张王牌没有去雨之国战场，旗木朔茂力挽狂澜以一己之力击杀蝎父蝎母名震忍界，从此有了木叶白牙的称号。
而一直作壁观的三代雷影忽然发动闪电战，举兵入侵土之国，三代土影大野木无心与风、火周旋急忙回防。
最终虽然成功防守住了家园，但是也造成了不少损失。
结束雨之国战役后，三忍准备离开这片焦土奔赴其他战场。
也是在这个时候，他们遇到了尚是孩童的长门、弥彦和小南。
纲手打算用一些食物打发走他们，大蛇丸想杀死他们免得在乱世受罪，而自来也则选择留下来照顾他们。
“战争这东西果然不是什么好东西啊。”
“真希望现实世界不要爆发战争啊。”
“啊……这可说不准啊，毕竟当实力增长，野心就会因此爆发。”
“现在说这事干嘛，就我们龙国这实力，加有苏晓老师在，哪个国家敢来犯？”
“光靠苏晓老师可不行，其他的幻想家，还有各位也要努力才行。”
“没错，起码要努力挣钱！”
“没错！”
自来也最开始本来打算只是照顾三个孩子到他们能够自立，但是在见到长门被假死潜伏下来得斑移植的轮回眼后，自来就坚信这个孩子是大蛤蟆仙人所说的预言之子。
（大蛤蟆仙人就是之前把羽村给续命救活了的蛤蟆丸）
在教授三个孩子三年忍术后，自来也也将要回去继续参加战争。
这个时候二战已经是第四年将要结束，但是还会有流亡的忍者来雨之国抢粮杀人。
不忍如此的弥彦、长门、小南决定改变这一切，便舍弃原本还算温馨的生活探寻救国图存之道。
与纲手、大蛇丸阔别三年的自来也成功与队友汇合，同时收到了蛤蟆带来的三个孩子‘死亡’的消息。
在之后的一年里，战争逐渐由全面过渡到了局部，三忍也分开来自己带队执行不同的任务。