工部：尚书（正二品），左、右侍郎（正三品），郎中（正五品），员外郎（从五品）、主事（正六品）、司务（从九品）、吏部监察使（无品阶，隶属监察司）
工部职掌土木兴建之制﹐器物利用之式﹐渠堰疏降之法﹐陵寝供亿之典。凡全国之土木﹑水利工程﹐机器制造工程（包括军器﹑军火﹑军用器物等），矿冶﹑纺织等官办工业无不综理﹐并主管一部分金融货币和统一度量衡。
下设四司﹕
营缮清吏司：掌宫室官衙营造修缮﹔
虞衡清吏司：掌制造﹑收发各种官用器物﹐主管度量衡及铸钱﹔
都水清吏司：掌估销工程费用﹐主管制造诏册﹑官书等事﹔
屯田清吏司：掌陵寝修缮及核销费用﹐支领物料及部分税收。
除四司外﹐另设：
制造库：掌制造皇帝车驾﹑册箱﹑宝箱﹑仪仗﹑祭器等﹔
节慎库：掌收发经费款项﹔
料估所：掌估工料之数及稽核﹑供销京城各坛庙﹑宫殿﹑城垣﹑各部院衙署等工程。
刑部：尚书（正二品），左、右侍郎（正三品），郎中（正五品），员外郎（从五品）、主事（正六品）、司务（从九品）、吏部监察使（无品阶，隶属监察司）
刑部主管全国刑罚政令及审核刑名的机构﹐与监察司﹑大理寺共同执掌重大案件的最终审理和复核﹐称为“三法司制”。
按大周疆域州府划为三十六司。
另设有：
督捕司：掌督捕旗人逃亡事；
审查司；掌核秋审﹑朝审各案﹔
减等处：掌汇核各省及现审各案之遇赦减等事﹔
提牢厅：掌管狱卒﹐稽察南北所监狱的罪犯﹐发放囚衣﹑囚粮及药物等﹔
赃罚库：掌收放现审案内赃款及没收各物件﹐并保管本部现银及堂印﹔
赎罚处：掌罚罪事﹔
律例堂：掌修订法律。
兵部：尚书（正二品），左、右侍郎（正三品），郎中（正五品），员外郎（从五品）、主事（正六品）、司务（从九品）、吏部监察使（无品阶，隶属监察司）
兵部职掌全国军卫﹑武官选授﹑简练之政令。内外武职官员的除授﹑封荫之典﹐乘载﹑邮传之制﹐甄核﹑简练之方﹐士籍﹑军实之数。
下设四司：
武选清吏司：考核武职官员的品级与选补﹑升调﹑承袭﹑封赠诸事﹐并管理土司﹔
车驾清吏司：掌全国马政及驿传等事﹔
职方清吏司：掌武职官员的叙功﹑核过﹑抚恤﹑军旅之简阅﹑考察﹑巡防等事﹐并管理关禁与海禁﹔
武库清吏司：掌全国之兵籍﹑军器并武科考试之事。
另设：
稽俸厅：掌稽察武职官俸﹔
会同馆：管理京师驿传事务。
注：六部各司长官均为郎中。