莱登之事前后经历了整整两个多月这才结束，随着孔有德等人押解至京师，这场闹剧也落下了帷幕。
崇祯皇帝对于孔有德、李九成父子等人的处置很快就下来了，包括其部将共计七人，以祸乱之首判处死罪，随后在西市处决。
刘宇烈和王道纯欺瞒朝廷夺去官职遣戍充军，原山东巡抚余大成巡抚地方不力，以至孔有德部叛乱，降职去了南京六部坐冷板凳，山东按察使宋光兰、山东按察司佥事王徵两人夺职。
此外，孔有德叛乱后拿下的临邑、陵县、商河、青城诸城地方官员和山东将领也均有处置，或下狱、夺职或降级留任。至于王象春的王家也没讨得了好，孔有德叛乱的原因崇祯皇帝也搞明白了，如果不是王象春的管家和长子逼迫太甚，孔有德也不会起兵做乱。
得知这个情况后，崇祯皇帝对王象春极为恼怒，王象春居然为了区区一只鸡就逼反了孔有德的辽军，再联想到当初山西军勤王兵变的往事，崇祯皇帝更是生气，如果以后再发生类似的情况，这不岂非要逼反天下的明军不成？
为了杀鸡骇猴，崇祯皇帝打算对王象春严厉处置，原本是打算扣上他一顶逼反孔有德的帽子也处死的，不过王象春毕竟是东林党的骨干，更是上过东林点将录的名人，朝中为王象春说情者不少，并解释道孔有德当初叛乱时王象春并不在老家山东，而是在南京呢，山东的事他根本就不知道。
王家的所为并非是王象春本意，仅仅只是王象春的长子和家仆私下行为，王象春虽然有过，但这个过仅仅只是治家不严罢了，孔有德叛乱从事实和他并不能直接扯上关系，所以杀王象春没这个理由，还请崇祯皇帝明察。
鉴于众人求情，而且言之也有几分道理，最终崇祯皇帝没有处死王象春，只是罢免了他的官职，打发他回乡养老去了。
而对于孙元化的问题，崇祯皇帝看在徐宪成包括首辅周延儒还有徐光启等人为他求情的份上，再加上孙元化在叛乱后所作出的平叛措施也没问题，所以最终崇祯皇帝还是放了他一码。
虽然没有把孙元化下狱严惩，但他的巡抚却没了，除了仅留下一个官身外，孙元化几乎是一撸到底。
这个结果有些残酷，但孙元化却没有半点怨言，反而暗松了口气，崇祯皇帝能如此开恩已是难得，假如不是因为徐宪成和李信的缘故，他孙元化说不定这一次生死难料。
既然有处置也就有奖励，徐宪成此次平叛立下大功，李信身为兵部主事亲临战场同样立功不小。
崇祯皇帝刚处置了一大批人，尤其是现在山东巡抚和莱登巡抚都没了，自然需要另派人执掌山东和莱登。
考虑到徐宪成等人的功劳，崇祯皇帝直接下旨让徐宪成就任山东巡抚兼莱登巡抚，这个职务等于把天启年时从山东分出莱登的做法重归于以往，重新把两地军政进行了合并。
现在山东巡抚和莱登巡抚两职再一次合二为一，由徐宪成担任。李信同样立下大功，由兵部主事转任山东兵备道，驻扎莱登，此外莱登总兵张可大平叛有功，加五军都督府右都督之衔。
圣旨送到登州后，众人皆是大喜。
徐宪成带着人迎了天使接了圣旨，等把天使安顿好后，徐宪成、孙元化、李信、张可大四人回到二堂，相互道贺。
“如此，这事也算彻底了结了，我孙元化能有此结果多亏了诸位帮衬，在下心中感激不尽。”孙元化虽然丢了官，却没有半点沮丧，而且他对徐宪成等人的升官重用心中很是高兴，毕竟徐宪成和李信都是自己好友，张可大也是自己的搭档，大家的关系都很不错，而且这一次要不是他们帮忙，自己还真是生死难料呢。
“就是委屈了初阳兄了。”张可大虽然还是总兵，可眼下已有了右都督的职衔，从品级上已升到了一品，几乎和当初的毛文龙差不多了。虽然升官是一件值得高兴的事，可孙元化的罢职却心中觉得可惜，在他看来孙元化虽然因为用人不当过于信人导致这场叛乱，还差一点丢失了莱登，可孙元化在大明官员中却是难得懂军事的文官，而且他还精通火器，对武将也没文官的那种骄横，现在却落得如此下场实在让人叹息。
“没什么可委屈的，有这样的结果就很不错了。”孙元化笑呵呵地说道。