另一边，岩隐与木叶的战斗陷入了非常鸡肋的焦灼状态。
三代火影猿飞日斩向三代土影两天秤大野木做出让步，签订了停战协议。
而武斗派的团藏则以战死的忍者为借口弹劾火影，逼迫猿飞引咎辞职。
但是团藏想要自己当火影的目的也没有实现，反而是在三战中作为中流砥柱的波风水门获得了大家的认可成为了第四代火影。
虽然三代退休，但仍拥有调动自己暗部的权利，水门成为火影后则需要单独组建自己的部队，所以他将因带土与琳的死而性格大变的卡卡西调到自己直属的暗部，让他负责已经怀孕的玖辛奈的安全。
几个月后，富岳家的小儿子出生了，为了致敬三代的父亲，他给孩子取名佐助。
又过两个月，到了玖辛奈分娩的日子。
但是在这天夜晚，一个拥有写轮眼、戴着面具的神秘人忽然出现，先是杀死了三代的妻子猿飞琵琶湖以及在场的暗部，接着又用刚出生的鸣人吸引水门的注意力，以此为契机劫走了玖辛奈，并在村子里将九尾释放了出来。
水门及时救下玖辛奈后迅速转移了九尾的尾兽玉，并在村外击退了能够虚化的面具男。
为了阻止面具男的阴谋以及保护村子，水门用尸鬼封尽将九尾一半的阴属性查克拉封印在自己身体里，并将自己和妻子残留的查克拉以及九尾另一半阳属性查克拉封印在鸣人体内，对鸣人留下了最后的遗言并将其托付给三代后便与玖辛奈双双去世。
“为了致敬在中忍考试中死去的三代，我以后儿子的名字就叫李日斩吧！”
“神踏马为了致敬某人而将自己儿子的名字取名为某人的名字……”
“李是谁？斩又是谁？”
“鸣人竟然是水门和玖辛奈的儿子！”
“既然是这样的话，为什么村里人那么讨厌他，还说他是妖狐？”
“一看就是三代做的好事！”
“是啊，还让我们的小鸣人和过期的牛奶，实在太可恨的！”
“死的好！”
“大快人心！”
“唉，毕竟每个人的立场不同啊。”
九尾之乱的那一晚使包括四代目火影在内的许多人丢掉了性命，已经退休的三代火影不得不再次出任。