在暗部工作时，鼬曾无意间问过队长卡卡西朋友的意愿是否非回应不可，卡卡西认为是的。
于是在政变即将爆发的前夜，鼬与木叶高层做出了交易，保全弟弟佐助，自己为木叶除去这块心头病。
然后，灭族之夜开始了，为了保证万无一失，鼬找到了之前接触过的自称为宇智波斑的面具男，在他的帮助下杀光了除佐助外的整个宇智波一族。
放学回家看到这一切的佐助在恐惧与憎恨中开启了单勾玉写轮眼，面具男也趁机薅了一把羊毛，回收了一些写轮眼，并将给鼬提供一个去处。
灭族之夜发生后，三代带领着卡卡西、大和等暗部到达现场。
看到这一惨状，猿飞立刻下令革除团藏的职务，将他雪藏起来。
鼬以木叶的机密为要挟让团藏不要打佐助的主意，并告诉三代自己受面具男的邀请加入一个叫做晓的新兴组织，顺便监视他们的动向。
自此，佐助和鸣人都双双过了孤儿的生活。
“这是一波更比一波强啊！”
“团藏还真是老搅屎棍了！”
“果然还是讨厌三代，团藏都做了辣么多坏事都不惩罚他。”
“所以说啊，大人的世界是很复杂的啊。”
“鼬对佐助绝对是真爱吧，为了他竟然杀掉了所有的族人。”
“这份爱已经变质了啊，你能为了你喜欢的人杀掉你的父母？”
“这根本就是神经病吧！”
“这份爱已经扭曲了！”
“而且佐助只会恨鼬吧？”
“即使被恨也要这么做吗？唉，真不知道这脑子到底怎么想的。”
“而且为什么只保住佐助一个人，既然可以保下一个，多保几个应该也没问题吧？”
“谁知道呢！”
由于前有九尾之乱，后有宇智波灭族事件，木叶的整体实力被大大的削弱了一次。
云隐村便想要搞事情，以外交的名义派遣一支小队来到木叶，并趁着夜色掳走了好称木叶最强家族的日向家的大小姐雏田。
雏田的父亲日向日足在追赶中击杀了云隐小队的头目，然而消息传出去后四代雷影非但不承认诱拐儿童，还倒打一耙要日向家族长偿命。
很明显这是一种挑衅行为，意在找借口发动战争。
然而木叶现在的状态老的老小的小，不允许再打一次忍界大战，便只好签订不平等条约，以宁次的父亲，日足的弟弟日向日差代替兄长赴死。